GP回归模型预测所有测试输入的数值非常相似

时间:2019-07-11 14:24:35

标签: python regression gaussian gpyopt

我正在使用 doc2vec氨基酸序列嵌入来尝试预测动力学速率。

我已经尝试对输入向量(X)进行标准化和不标准化,但是除非我对输出变量(运动速率)进行标准化,否则我的GP模型会为所有测试输入预测非常相似的数字(介于4.87和4.9之间) )

您是应该标准化输出值还是我的模型有问题?

我正在Python中使用 GPy 软件包。

这是我的代码:

#GP Regression for word vectors
def Gp_regression(Xtrain, Ytrain, Xtest, Ytest):

    kernel = GPy.kern.RBF(input_dim = 64, variance = 1, lengthscale =    1)
    m = GPy.models.GPRegression(Xtrain, Ytrain, kernel=kernel,    noise_var=1e-10)
    m.optimize_restarts(num_restarts = 10)

    Xtest = np.ndarray(shape=(1,64))
    mean = m.predict(Xtest)

return mean

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