我正在使用relsurv
函数执行相对生存率分析,以了解一些有关风险暴露的后续数据。我有关于诊断年龄,诊断年份的数据,并跟踪直到死亡的时间以及性别。
我已经使用UK费率表作为比较来实现该功能以获取相对生存率,但是,我注意到,即使省略了费率表调用,它仍然会产生结果。
在这种情况下,与之比较的是什么?
结果不同,但这让我担心我没有正确实现此功能。
我省略了rs.surv函数中的费率表调用,并且没有错误消息。我期待出现错误消息,因为应该没有数据可以与样本死亡数据进行比较。
#Relative survival analysis
install.packages("relsurv")
require(relsurv)
# creat df with follow up time to death (fuptime) and status (stat), gender (sex), age at diagnosis (age) and date of diagnosis (year).
df = data.frame(fuptime = runif(100, min=15200, max=22000), sex = c(rep.int(1,50), rep.int(2,50)), year = runif(100, min = 0, max =10000), stat = rep(1,100), age = runif(100, min = 7600, max =15200))
#downloaded from https://www.mortality.org/
UKtab <- transrate.hmd(male = "mltper_1x1.txt", female = "fltper_1x1.txt")
#fit relative survival ratio with ratetable
fit_rsr = rs.surv(Surv(fuptime, stat) ~1, data = df, ratetable = UKtab)
summary(fit_rsr)
#fit without ratetable
fit_rsr_noUKtab = rs.surv(Surv(fuptime, stat) ~1, data = df)
summary(fit_rsr_noUKtab)'
产量:
> summary(fit_rsr)
Call: rs.surv(formula = Surv(fuptime, stat) ~ 1, data = df, ratetable = UKtab)
time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
15286 100 1 1.120113 0.012934 1.10e+00 1.14575
15315 99 1 1.113334 0.015973 1.08e+00 1.14509
15576 98 1 1.123151 0.022623 1.08e+00 1.16838
15605 97 1 1.115483 0.024841 1.07e+00 1.16525
并且没有费率表,它仍然会产生:
> fit_rsr_noUKtab = rs.surv(Surv(fuptime, stat) ~1, data = df)
> summary(fit_rsr_noUKtab)
Call: rs.surv(formula = Surv(fuptime, stat) ~ 1, data = df)
time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
15286 100 1 1.190886 0.012095 1.17e+00 1.21483
15315 99 1 1.184226 0.015805 1.15e+00 1.21561
15576 98 1 1.199467 0.025145 1.15e+00 1.24978
15605 97 1 1.192155 0.027439 1.14e+00 1.24717