shortest_path算法的替代方法

Question

我有一个由335个节点组成的网络。我计算了所有节点之间的weighted shortest.paths。 现在，我想看看在节点之间使用了哪些路径序列。

我在igraph中使用shortest_path命令并遍历网络中节点的所有组合（335²组合-335（从/到同一节点的路径为0）/ 2（图形是无向的）。我总共要遍历55.945个组合。

我的方法如下： net是我的网络 sp_data是具有网络中所有链接组合的df

results1 <- sapply(sp_data[,1], function(x){shortest_paths(net, from = x, to = V(net), output="epath"})

不幸的是，这需要花一些时间才能计算出来，最终我没有足够的内存来存储信息。 （Error: cannot allocate vector of size 72 Kb）。 基本上我有两个问题：

1. shortest.paths命令需要几秒钟来计算网络中所有节点之间的距离，而提取路径序列（不仅仅是长度）又需要几天并且超出存储容量，怎么可能呢？ / p>

2. 是否有获取所需输出（最短路径的路径序列）的替代方法？我猜想sapply语法应该已经比for::loop更快了？

Answer 1

您可以尝试cppRouting软件包。 它提供了get_multi_paths函数，该函数返回包含每个最短路径的节点序列的列表。

library(igraph)
library(cppRouting)

#random graph
g <- make_full_graph(335) 

#convert to three columns data.frame 
df<-data.frame(igraph::as_data_frame(g),dist=1) 

#instantiate cppRouting graph
gr<-cppRouting::makegraph(df) 

#extract all nodes 
all_nodes<-unique(c(df$from,df$to))

#Get all paths sequence
all_paths<-get_multi_paths(Graph=gr,from=all_nodes,to=all_nodes)

#Get path from node 1 to 3
all_paths[["1"]][["3"]]