ggplot2 PDF barplot具有白线，需要大量的放大并看上去有差异。在PowerPoint

Question

我试图在ggplot2中绘制多个样本的堆叠条形图；但是，当我绘制数据图形时，PDF上每个条形图上都有白线。

下面是一些示例代码，因此您可以看到我的数据：

Expt <- as.data.frame(round(replicate(10, runif(10, 0, 5)), 3))
colnames(Expt) <- c("S_3", "S_5", "S_12", "S_22", "S_25", "S_27", "S_33", "S_52", "S_100", "S_101")
Expt$Phyla <- c("Proteobacteria", "Firmicutes", "Actinobacteria", "Bacteroidetes", "Verrucomicrobia", "Planctomycetes", "Cyanobacteria", "Chlamydiae", "Chloroflexi", "Deinococcus")
colors <- c("navajowhite4", "dodgerblue", "cyan", "orange", "lawngreen", "burlywood1", "black", "pink", "slateblue2", "hotpink")

library(reshape2)
Expt_melt <- melt(Expt, id.vars = "Phyla")
colnames(Expt_melt)[2:3] <- c("Sample", "Abund")

library(ggplot2)
ggplot() + geom_bar(aes(x = Sample, y = Abund, fill =     Phyla), data = Expt_melt, stat = 'identity') + scale_fill_manual(values = colors)

此代码产生一个漂亮的堆叠条形图；但是，我的数据有6000多行，并且还有更多的样本，而我得到的实际图像看起来却有所不同。在我使用的媒体上

关于为什么发生这种情况的任何想法？当我将其插入普通的PowerPoint幻灯片时，需要使用放大150％的PDF格式的图表，而看上去却充满内部白线。更不用说，最终这些图将发布，并且仅当以150％放大时，我才能打开看上去正确的PDF。

研究白线问题，我发现此链接摆脱了内部线条： Getting Rid of Internal Bar Lines in a Bar Plot，按照他们的代码，我使用以下代码绘制了数据图：

ggplot(Expt_melt, aes(x= Sample, y=  Abund, fill = Phylum)) + stat_summary(fun.y = sum, geom = "bar") + scale_fill_manual(values = colors)

这产生了下图：

如您所见，这完全删除了我所有的顶部条形-这是我的Phyla（Expt_melt $ Phyla）的Expt_melt $ Abund值较低。更不用说，此图必须放大200％才能视为“正常”。

关于做什么的任何建议？关于这些图为何表现出这种行为的任何想法？

谢谢！

Answer 1

ggplot中条的默认宽度为0.9（在每个级别的宽度为1的分类轴上），因此默认情况下，条之间存在间隙。您可能要尝试设置width = 1：

ggplot() + 
    geom_bar(aes(x = Sample, y = Abund, fill =     Phyla), 
             data = Expt_melt, stat = 'identity', 
             width = 1) + 
    scale_fill_manual(values = colors)