如何解释PCAmixdata软件包中的MFAmix函数的系数结果

时间:2019-07-08 15:02:09

标签: r mfa

我正在R中进行一个遗传项目。在此数据集中,有497行和11,226列。每行是特定杂种的遗传标记系列,每列是值为1、0,-1和NA的遗传标记(“ G1”,“ G2”等)。我正在尝试使用MFAmix缩小尺寸,以便继续进行预测。

这是数据集中的一个样本。

Hybrid  G1  G5  G8  G9  G10
P1000:P2030 0   -1  0   1   0
P1006:P1384 0   0   0   0   1
P1006:P1401 0   NA  NA  NA  1
P1006:P1412 0   0   0   0   1
P1006:P1594 0   0   0   0   1
P1013:P1517 0   0   0   0   1
res.mfamix<-MFAmix(data=geno3,groups=index,
                  name.groups=names(geno3),ndim=50,rename.level=TRUE,graph=FALSE)
coeff <- res.mfamix$coef

res.mfamix的输出包含个人坐标和定量变量。由于现在我只有50个维度,如何使用res.mfamix的输出继续进行预测? (我要参考哪个输出)

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