我正在R中进行一个遗传项目。在此数据集中,有497行和11,226列。每行是特定杂种的遗传标记系列,每列是值为1、0,-1和NA的遗传标记(“ G1”,“ G2”等)。我正在尝试使用MFAmix
缩小尺寸,以便继续进行预测。
这是数据集中的一个样本。
Hybrid G1 G5 G8 G9 G10
P1000:P2030 0 -1 0 1 0
P1006:P1384 0 0 0 0 1
P1006:P1401 0 NA NA NA 1
P1006:P1412 0 0 0 0 1
P1006:P1594 0 0 0 0 1
P1013:P1517 0 0 0 0 1
res.mfamix<-MFAmix(data=geno3,groups=index,
name.groups=names(geno3),ndim=50,rename.level=TRUE,graph=FALSE)
coeff <- res.mfamix$coef
res.mfamix的输出包含个人坐标和定量变量。由于现在我只有50个维度,如何使用res.mfamix的输出继续进行预测? (我要参考哪个输出)