Question

我有一个通过避风港读取的数据集“ res.sav”。它包含20列，分别称为“ Genes1_Acc4”，“ Genes2_Acc4”等。我正在尝试查找与这些列之间的相关系数，即“ Condition”。我想单独列出所有系数。

我创建了两个函数cor.condition.cols和cor.func来实现。第一个遍历文件名即可正常工作。第二个应该给我我的相关性，这根本不起作用。我还创建了一个新的“ cor.condition.Genes”，我想用相关性来填充，最好是矩阵或数据框。

我尝试用两个函数遍历各列。但是，当我尝试通过它时，出现错误：“转换引入的NA”。这不会是世界的尽头（我尝试过也抑制了Warning（））。但更大的问题是，我的函数似乎无法将所述列转换为cor（）函数所需的数值类型。尝试运行cor（）函数时收到“ y必须是数字”错误。我试图将多个参数放入“''或“”中，但没有成功。

当我运行str（cor.condition.cols）时，我只收到字符串，这使我认为我的函数在某种程度上与as.numeric函数混为一谈。关于我还可以如何遍历这些列并进行传输的任何建议？

谢谢大家:)

cor.condition.cols <- lapply(1:20, function(x){paste0("res$Genes", x, "_Acc4")})

#save acc_4 columns as numeric columns and calculate correlations
res <- (as.numeric("cor.condition.cols"))
cor.func <- function(x){
  cor(res$Condition, x, use="complete.obs", method="pearson")
}

cor.condition.Genes <- cor.func(cor.condition.cols)

Answer 1

您可以这样做：

cor.condition.cols <- paste0("Genes", 1:20, "_Acc4")
res2 <- as.numeric(as.matrix(res[cor.condition.cols]))
cor.condition.Genes <- cor(res2, res$Condition, use="complete.obs", method="pearson")

最终是简短的变体：

cor.condition.cols <- paste0("Genes", 1:20, "_Acc4")
cor.condition.Genes <- cor(res[cor.condition.cols], res$Condition, use="complete.obs")

以下是其他数据的示例：

cor(iris[-(4:5)], iris[[4]])

如何将多列转换为数值并找到相关系数

1 个答案: