使用ggplot从热图中的透明度中排除单元格

Question

我正在尝试生成一个热图，以便在每个单元格上显示多个级别的信息。对于每个单元格，我希望根据其在一个变量中的值来显示不同的颜色，然后将其覆盖在透明度（alpha）上，该透明度将根据单元格对另一个变量的值对其进行着色。

此处（Place 1 heatmap on another with transparency in R）已解决了类似的问题 和这里（Making a heatmap in R varying both color and transparency）。在这两种情况下，建议使用ggplot并覆盖两个geom_tiles，其中一个带有颜色，一个带有透明度。

我设法覆盖了两个geom_tiles（请参见下面的代码）。但是，在我的情况下，问题是由透明性（或“ alpha”）geom_tile定义的阴影还会使应根据颜色（或“填充”）geom_tile保留为白色或空白的某些单元格着色。我希望这些单元格即使覆盖了透明性也能保持白色。

import cv2
video_capture = cv2.VideoCapture(....)

我希望由上面的代码产生的热图中的单元格“ AZ”和“ CX”被着色为白色而不是灰色，以使Alpha透明度不适用于它们。在我的数据中，这些单元格的颜色变量（col_var）具有NA，透明度/ alpha变量（alpha_var）可以具有NA或0（如示例代码）。

如果这不可能，那么我想知道是否还有其他选项可以在热图中显示两个变量并使col_var中的NA单元保持白色？我很高兴使用其他程序包或替代的热图布局，例如每个单元格的大小或其边框的厚度根据alpha_var的值而变化的布局或布局。但是，我也不知道如何实现这一目标。

预先感谢我为示例代码中的繁琐代码表​​示歉意（我仍在学习R，这是我第一次在这里提问）。

Answer 1

忘记我的评论。你不远请参阅下面的可能的解决方案。第一个图显示了在geom_tile调用本身中添加透明度的实现-注意，我从图中删除了trans = reverse规范。

图2只是在其他图的顶部添加了白色图块-简单的技巧，当您希望以不同的方式绘制某些数据点时，您经常会发现这很必要。

请注意，我在下面的代码中添加了一些小注释。

# creating your data frame with better name - df is a base R function and not recommended as example name. 
# Also note that I removed the quotation marks in the data frame call - they were not necessary. I also called as.numeric directly. 
mydf <- data.frame(x_pos = c("A","A","A","B","B","B","C","C","C"), y_pos = c("X","Y","Z","X","Y","Z","X","Y","Z"), col_var= as.numeric(c(1,2,NA,4,5,6,NA,8,9)), alpha_var = as.numeric(c(7,12,0,3,2,15,0,6,15)))

mydf$col_var_cut <- cut(mydf$col_var, breaks = c(0,3,6,10), labels = c("cat1","cat2", "cat3"))

#Plot

library(tidyverse) 
library(RColorBrewer) # you forgot to add this to your reprex

ggplot(mydf, aes (x = x_pos, y = y_pos, fill = col_var_cut, label = col_var)) +
  geom_tile(aes(alpha = alpha_var)) +
  geom_text() +
  scale_fill_manual(values=(brewer.pal(3, "RdYlBu")), na.value="white")
#> Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_text).

# a bit hacky for quick and dirty solution. Note I am using dplyr::filter from the tidyverse

ggplot(mapping = aes(x = x_pos, y = y_pos, fill = col_var_cut, label = col_var)) +
  geom_tile(data = filter(mydf, !is.na(col_var))) +
  geom_tile(data = filter(mydf, !is.na(col_var)), aes(alpha = alpha_var), fill ="gray29")+
  geom_tile(data = filter(mydf, is.na(col_var)), fill = 'white') +
  geom_text(data = mydf) + 
  scale_fill_manual(values = (brewer.pal(3, "RdYlBu"))) +
  scale_alpha_continuous("alpha_var", range=c(0,0.7), trans = 'reverse')  
#> Warning: Removed 2 rows containing missing values (geom_text).

^{由reprex package（v0.2.1）于2019-07-04创建}