在安装conda软件包的过程中更新@INC变量

时间：2019-07-03 17:14:15

标签： perl environment-variables conda environment conda-build

我正在尝试安装Perl模块的conda软件包。到目前为止，我已经可以使用conda-build创建包。为此，我有一个包含build.sh和meta.yaml文件的食谱。

然后我在新环境中使用conda-install安装它，我希望能够运行刚安装的Perl模块中的一些Perl脚本。

所有这些步骤都可以正常工作，但是当我运行某些脚本时，我会出错：

Can't locate PMP/util.pm in @INC (you may need to install the PMP::util module) (@INC contains: /.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/site_perl/5.26.2 /.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /.autofs/home/antoine/anaconda2/envs/testCustomChannel/lib/5.26.2 .)

如您所见，执行Perl时似乎无法识别我的Perl模块的某些模块。我知道，要解决此问题，我可以修改@INC变量，并将bin /添加到PATH，并将lib /添加到PERL5LIB，但是我需要在模块安装期间自动执行此过程。

我真的不知道应该在哪里修改环境变量。例如，在创建包期间通过在build.sh中添加一些内容？还是应该在安装过程中进行管理？如果可以，该怎么办？

任何建议将不胜感激

谢谢

编辑：

meta.yaml => 

{% set name = "module_name" %}
{% set version = "0.8.3" %}

package:
  name: "{{ name }}"
  version: "{{ version }}"

source:
  git_url: ssh://git@adress/bspcore/perl_module.git

build:
  number: 0

requirements:
  host:
    - perl
    - perl-extutils-makemaker
  run:
    - perl

about:
  home: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
  license: xxx
  license_family: xxx
  summary: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

Build.sh => 

#!/bin/bash
if [ -f Build.PL ]; then
    perl Build.PL
    perl ./Build
    # Make sure this goes in site
    perl ./Build install --installdirs site
elif [ -f Makefile.PL ]; then
    # Make sure this goes in site
    perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
    make
    make install
else
    echo 'Unable to find Build.PL or Makefile.PL. You need to modify build.sh.'
    exit 1
fi

chmod u+rwx $PREFIX/bin/*
echo "${PREFIX}"

编辑2：

另一种可以帮助你们更好地了解我的情况的编辑。我刚刚意识到，在构建软件包时，我拥有PMP::util的perl模块的lib文件夹位于lib/site_perl/5.26.0/Perl_Module下。我非常确定，如果我能够直接将其安装在lib/文件夹下，它将解决此问题。但是我不确定如何修改build.sh文件来修改我们构建perl模块的位置。

1 个答案:

答案 0 :(得分：2)

这是一个简单的示例，说明如何创建一个conda软件包来安装Perl模块（取决于CPAN模块），该软件包可能会帮助您解决问题：

在Linux上安装miniconda 

$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# NOTE: I answered "yes" on the question:
#   "Do you wish the installer to initialize Miniconda3 ?" in the
#   previous command. This will modify ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc # activates base environment
# Next command: Do not automatically activate conda for every terminal window,
# instead run "conda activate" from a given terminal window to
# activate locally. The following command also creates ~/.condarc
$ conda config --set auto_activate_base False

创建程序包：

perl-hello / meta.yaml ：

package:
  name: perl-hello3
  version: "1.0"

source:
  path: ../src # NOTE: if you had put "src" in same folder as "meta.yaml", 
               # conda-build would have include the src folder in info/recipe in 
               # the generated package. It is not necessary to include  the 
               # source code in the generated package.

requirements:
  build:
    - perl >= 5.22
    - make

  run:
    - perl >= 5.22

about:
  license: Artistic
  summary: Simple perl function

../ src / ：

$ tree ../src
../src
├── lib
│   └── My
│       └── Module.pm
└── Makefile.PL

../ src / Makefile.PL ：

use utf8;
use ExtUtils::MakeMaker;

WriteMakefile(
    MIN_PERL_VERSION => 5.022000,
    NAME             => 'My::Module',
    VERSION_FROM     => 'lib/My/Module.pm',
    PREREQ_PM        =>
    {
        'ExtUtils::MakeMaker' => '7.12',
        'Data::Dump'          => 0,
    },
    ABSTRACT_FROM    => 'lib/My/Module.pm',
    AUTHOR           => 'Håkon Hægland <hakon.hagland@gmail.com>',
    LICENSE          => 'perl',
);

../ src / lib / My / Module.pm ：

package My::Module;
our $VERSION = 0.01;
use strict;
use warnings;
use Exporter qw(import);

our @EXPORT = qw(hello);
our @EXPORT_OK = @EXPORT;

use Data::Dump;
sub hello {
    print "Hello world!\n";
    my $str = "Testing Perl module Data::Dump";
    dd $str;
}
1;

build.sh ：

# PERL_MM_USE_DEFAULT=1  -> automatically answer "yes" on config questions
PERL_MM_USE_DEFAULT=1 cpan App::cpanminus
perl ${PREFIX}/bin/cpanm Data::Dump
perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install

请注意，我使用cpanm运行了perl ${PREFIX}/bin/cpanm。我无法简单地以cpanm的身份运行它，有关更多信息，请参见Can you rely on the shebang of an installed command during build?。

构建程序包

$ conda-build .

（记下生成的输出，并确定生成的包的路径。在我的情况下，路径名称为：

/home/hakon/miniconda3/conda-bld/linux-64/perl-hello3-1.0-pl526_0.tar.bz2

将程序包上传到anaconda服务器

  • 在Anaconda Cloud

    • 注册新用户

  • 安装客户端

    $ conda install anaconda-client

  • 登录到您的帐户：

    $ anaconda login

  • 上传生成的包：

    $ anaconda upload /home/hakon/miniconda3/conda-bld/linux-64/perl-hello3-1.0-pl526_0.tar.bz2

测试软件包（可以在任何Linux机器上完成）：

  • 创建一个新环境：

     $ conda create --name perltest
 $ conda activate perltest

  • 在新环境中安装软件包：

     $ conda install -c hakonhagland perl-hello3 
 # Alternatively: You can test the package locally before uploading with
 #   "conda install --use-local perl-hello3"

  • 测试程序包：

     $ perl -E 'use My::Module; hello'
 Hello world!
 "Testing Perl module Data::Dump"
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