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Question

我正在尝试使用BiocManager :: install（'WGCNA'）安装软件包WGCNA。在必须更新软件包“ robust”之前，它似乎一直有效，这时我收到了一系列错误消息。

安装Homebrew帮助我在WGNCA的安装上走了一些远。我也尝试过单独安装功能强大的软件，但收到相同的错误消息。

当我执行以下操作时，总是会出现错误：更新旧软件包：“ robust” 更新全部/部分/无？ [a / s / n]：一个

我得到以下结果：有可用的二进制版本，但更高版本是源版本：二进制源needs_compilation 健壮的0.4-18 0.4-18.1是

当我尝试时：是否要从源安装需要编译的软件包？（是/否/取消）是安装“ robust”源程序包

这似乎有效：尝试使用URL'http://cran.us.r-project.org/src/contrib /robust_0.4-18.1.tar.gz'

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* installing *source* package ‘robust’ ...
** package ‘robust’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include"   -DNDEBUG   -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include  -fPIC  -Wall -g -O2  -c compatibility.c -o compatibility.o

gfortran -fPIC -Wall -g -O2 -c gamrob.f -o gamrob.o gamrob.f：1752：0：

但是我得到了：

1752 | rlpsis = ps1 * s1 * ans | 警告：“ ps1”可能未在此函数中使用[-Wmaybe-uninitialized] gamrob.f：1743：0：

[一堆其他警告]

wblrob.f:1237:0: Warning: 'alf1' may be used uninitialized in this function [-Wmaybe-uninitialized]

clang -dynamiclib -Wl，-headerpad_max_install_names-未定义dynamic_lookup-单模块-multiply_defined抑制-L / Library / Frameworks / R.framework / Resources / lib -L / usr / local / lib -orobust.so兼容性.o gamrob .o glmrob.o lmrobbi.o lmrobfs.o lmrobml.o lmrobmm.o mmprnt.o rb.o tdmean.o tmlfor.o wblrob.o -L / Library / Frameworks / R.framework / Resources / lib -lRlapack -L /Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0 -L / usr / local / gfortran / lib -lgfortran -lquadmath -lm -L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0 -L / usr / local / gfortran / lib -lgfortran -lquadmath -lm -F / Library / Frameworks / R.framework / .. -framework R -Wl，-framework -Wl，CoreFoundation ld：警告：找不到选项'-L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0'的目录 ld：警告：找不到选项“ -L / usr / local / gfortran / lib”的目录 ld：警告：找不到选项'-L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0'的目录 ld：警告：找不到选项“ -L / usr / local / gfortran / lib”的目录 ld：找不到用于-lgfortran的库 clang：错误：链接器命令失败，退出代码为1（使用-v查看调用） make：*** [robust.so]错误1

最终：

ERROR: compilation failed for package ‘robust’

*删除“ /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/robust” *恢复以前的“ /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/robust”

已下载的源包位于 ‘/ private / var / folders / 92 / 8zt66ybn5013yz2kvlcm67y40000gp / T / RtmpJEboUj / downloaded_packages’ 警告信息：在install.packages（update [instlib == l，“ Package”]，l，repos = repos，中：安装“ robust”软件包的退出状态为非零

非常感谢您提供有关此问题的帮助！我一般对R和编程语言还是很陌生的，因此对任何愚蠢的问题（如果能使它们减少愚蠢的问题，请多多指教），请提前道歉。非常感谢！

如何修复在WGCNA的安装过程中尝试更新软件包“ robust”时出现的“错误：软件包“ robust”的编译失败”？

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