在循环中如何更改具有特定名称的目录？

Question

我在矢量中指定物种的名称

sp1 <- Basper

直接访问文件，例如：

occ_sp1 <- read.table (paste ("H: / Botrops_p /", sp1, '. txt', sep = ""), 
                       header = TRUE, sep = "\ t")

all.species <-list.files("H:/Sim_crotalus/Crota.puntos.pam",pattern=".txt")
sp.names <- gsub(".txt","",all.species)
sp.combn <- combn(sp.names,2)
sp.combn 

resul <- matrix(nrow=406,ncol=7,byrow=TRUE)
colnames(resul) <- c("D1","D2","p.D1","p.D2")

  for(i in 1:ncol(sp.combn)){
  print(i)
  sp1 <- sp.combn[1,i]
  sp2 <- sp.combn[2,i]
  
  occ_sp1 <- read.table(paste("H:/E_Crotalus/par1/",sp1,'.txt',sep = ""), header=TRUE,sep="\t")
occ_sp2 <- read.table(paste("H:/E_Crotalus/par1/",sp2,'.txt',sep = ""), header=TRUE,sep="\t")

clim2 <- stack(list.files(path="H:/Crotalus_pam/M2/Caqui", pattern='.asc',full.names = TRUE))

w我需要访问与 sp1 相同名称的文件夹（子目录）来堆叠我尝试过的光栅文件

setwd ("H: / Botrops_p / Basper")

clim2 <- stack (list.files (pattern = '. asc', full.names = TRUE))

有些方法可以避免将文件夹的名称放在setwd()中，并将其开头与分配的 sp1 关联

为更清楚地说明问题，我举了一个更广泛的代码示例

我有一个物种列表，如果是txt文件，我将组合成对物种，这没问题，因为我将文件名分配给矢量sp1 <-Catrox

但是对于.asc，它们是不同的文件夹，例如具有sp1的相同名称，在这种情况下为Catrox，每个文件夹包含6个栅格

在这种情况下，我将不得不手动更改名称Caqui

有一些方法可以将文件夹识别为同名文件

Answer 1

最后！我对蛇和R的兴趣交叉了！

在没有看到磁盘上目录和文件的结构的情况下，很难准确地知道您需要做什么，但是遵循以下几条原则可能会有所帮助：

# If sp1 is 'Caqui', this will return the paths of all .asc files
#   in the 'H:/Crotalus_pam/M2/Caqui/' directory:
thisDir <- paste("H:/Crotalus_pam/M2/", sp1, sep="")
clim2 <- stack(list.files(path=thisDir, pattern='.asc', full.names=TRUE))

如果您仍然遇到问题，请使用更多详细信息（尤其是有关文件和目录的组织方式的详细信息）来更新您的问题。