如何将生物图表保存为.png

时间:2019-06-29 11:56:36

标签: r ggplot2 rstudio png x11

说我正在使用R软件包ggroughhttps://xvrdm.github.io/ggrough/)。我有以下代码(摘自该网页):

library(ggplot2)
library(ggrough)
count(mtcars, carb) %>%
    ggplot(aes(carb, n)) +
    geom_col() + 
    labs(title="Number of cars by carburator count") + 
    theme_grey(base_size = 16) -> p 
options <- list(
    Background=list(roughness=8),
    GeomCol=list(fill_style="zigzag", angle_noise=0.5, fill_weight=2))

然后我可以创建图表(我正在使用RStudio):

get_rough_chart(p, options)

但是,我可以使用什么代码将其另存为.png文件?我正在尝试:

png("ggrough.png")
get_rough_chart(p, options)
dev.off()

我也尝试过:

x11()
get_rough_chart(p, options)

但这也不起作用(即使它确实在x11窗口中渲染,我也不知道如何将其另存为.png。

如何将ggrough图另存为.png?

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

ggrough图在本质上是htmlwidget,因此我认为典型的图像保存代码不起作用。

如前所述,您可以通过htmlwidgetshtmlwidgets::saveWidget(rough_chart_object, "rough_chart.html")保存到磁盘。这将创建一个具有html canvas元素的html文件,该元素是通过嵌入式javascript绘制的。如您所见,webshot::webshot()无法捕获图像,原因是我还没有弄清楚。

由于html文件可以在Chrome中正确显示,因此我编写了这种RSelenium方法。但是,RSelenium很难与所有相互依存的关系一起运行,并且通过这种方法创建的映像可能需要后处理。也就是说,由于情节没有填充整个画布元素,因此图像包含很多不良的空白。

但是我将把这种方法留给其他人考虑。

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggrough)
library(RSelenium)
library(htmlwidgets)

# make ggplot
count(mtcars, carb) %>%
  ggplot(aes(carb, n)) +
  geom_col() + 
  labs(title="Number of cars by carburator count") + 
  theme_grey(base_size = 16) -> gg_obj

# convert to rough chart
options <- list(
  Background=list(roughness=8),
  GeomCol=list(fill_style="zigzag", angle_noise=0.5, fill_weight=2))

rough_chart <- get_rough_chart(p = gg_obj, rough_user_options = options)

# save rough chart
saveWidget(rough_chart, "rough_chart.html")

# start selenium driver
rd <- remoteDriver(
  remoteServerAddr = "localhost", 
  port = 4444L,
  browserName = "chrome"
)

rd$open()

# navigate to saved rough chart file
rd$navigate(paste0("file:///", getwd(), "/rough_chart.html"))

# find canvas element and size
canvas_element <- rd$findElement("id", "canvas")
canvas_size <- canvas_element$getElementSize()

# zoom to chart size with padding
rd$setWindowSize(canvas_size$width + 2 * canvas_size$x, 
                 canvas_size$height + 2 * canvas_size$y)

# save as png
rd$screenshot(file = "rough_chart.png")

# close chrome
rd$close()

plot need help