使用亲缘关系2和optiSel

时间:2019-06-28 16:46:05

标签: r

我有一个数据,该数据由大约750只我想组成的血统书组成。数据包括ID,DADID,MOMID,SEX,近交系数和外套颜色。我遵循了正确的谱系数据格式的准则以及kinship2和optiSel软件包中提供的代码准则,但是我似乎无法弄清楚。

我已经创建了一个子谱系,其中显示了一些个人及其祖先/前辈。我可以使用optiSel程序包中的pedPlot函数对其进行绘制,但是个人的姓名重叠,尽管该程序包说亲属关系2的值可以用来改变外观,但我无法使用这些值来更改分支长度,文字大小,甚至绘图宽度。我正在尝试改用kinship2 plot.pedigree函数,但是在此方面遇到了更多麻烦

library(dplyr)
> library(tidyr)
> library(pedigree)
> library(kinship2)
> library(optiSel)
> library(gridExtra)
> library(ggplot2)
> library(ggthemes)
> View(pedigree)

> ajaxped<-subPed(pedigree, keep = c("Customs Ajax AAD"), prevGen = 
1,succGen = 2)
> ajaxped<-subPed(pedigree, keep = c("Customs Ajax AAD"), prevGen = 1, 
succGen = 2)
> pedplot(ajaxped)
> pedplot(ajaxped, cex = 0.5, width = 8)
> pedplot(ajaxped, cex = 0.5)
#these 2 are the same; the width doesn't change anything
> plot.pedigree(ajaxped,id= ajaxped$ID, Sire = ajaxped$Sire, Dame = 
 ajaxped$Dam, sex = ajaxped$Sex)
Error in matrix(0, nrow = n) : data is too long
> plot.pedigree(ajaxped)       
 Error in matrix(0, nrow = n) : data is too long
> plot.pedigree(pedigree, id = pedigree$ID)       
Error in plot.pedigree(pedigree, id = pedigree$ID) : Wrong length for id

The plot created from pedPlot; ajaxped

1 个答案:

答案 0 :(得分:-1)

如果签出Igraph程序包,就可以轻松绘制出血统书