用Python执行Dunnett的多重比较测试

时间:2019-06-26 02:46:42

标签: python scipy statistics

我已确定,对我的数据进行单向方差分析后最适用的事后统计分析是Dunnett的检验。我过去使用R来执行此操作,但是由于我使用了用于自动化工作流程(自动分析大量数据)的软件包,因此现在仅限于python。

我发现有几个软件包(例如sci-kit,tukeyHSD)可提供多种不同的事后测试,但其中都不包含Dunnett的测试。例如,我可以轻松地在scipy中执行单向方差分析:

import scipy.stats as stats

# Made up data
a = [10, 12, 10, 14, 18] # Control
b = [15, 14, 18, 10, 38]
c = [20, 22, 23, 34, 20]
d = [50, 48, 42, 51, 51]

stats.f_oneway(a, b, c, d)

> F_onewayResult(statistic=26.92639734366354, pvalue=1.7207487532445122e-06)

但是,在此之后,我希望与具有正态分布数据(n〜1000)的单个对照组进行多次比较分析。我知道Rpy2,但是我希望在不使用docker的计算机上执行此操作。关于功能强大的软件包有什么建议吗?

(我也是一位生物学家,具有基本的脚本知识,因此很可能在这里缺少一些基本知识)

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