我正在尝试进行一些混合/固定效果建模,并且遇到了lme4
软件包,其中包括lmer
函数。但是,老实说,我对语法确实感到困惑,并且尝试过查阅文档,但是我不确定我是否完全理解,而且看来我也有所不同。
例如,我有这样的东西:
T <- lmer(Y ~ Treatment + 0 + (1|Block) + (1|Subblock), data = D, REML = FALSE)
T1 <- lmer(Y ~ 1 + (1|Block) + (1|Subblock), data = D, REML = FALSE)
任何人都可以“迅速”解释这实际上意味着什么吗?例如,|之前的1表示变量Block
或Subblock
应被视为随机效应,而Treatment
是固定效应。但是,单数1和0呢?我可以在|之前更改1。到0,那是什么意思?
答案 0 :(得分:2)
Y ~ Treatment + 0 + (1|Block) + (1|Subblock)
(顺便说一下,我不建议在{}中将T
用作R中的变量名)
0+Treatment
表示治疗的固定效果,采用“虚拟”或“治疗”编码(默认设置),抑制截距(这就是0
所表示的这里);换句话说,您将在Treatment
的每个级别具有一个固定效果参数,该参数等于该处理中观察值的期望值。(1|Block) + (1|Subblock)
表示块之间和子块之间模型的截距(1
在这里是指)的随机变化:假定子块是唯一编码的(例如A1,A2,... ,B1,B2,...而不是1,2,...,1,2,...)Y ~ 1 + (1|Block) + (1|Subblock)
与上述相同,但是现在没有固定的治疗效果-仅有实验范围的拦截值。
您将比较这两个模型(例如,使用anova()
进行似然比检验或使用AIC()
)来检验Treatment
的统计显着性。
有关lme4
语法的更多详细信息,请参见GLMM FAQ或this question。
在随机效果规范中将1
更改为0
的PS很奇怪; 如果完全有效(我不确定是否可以),那么从原理上讲,它等同于抑制随机效应(“各组之间的差异如何?什么都没有”),这将更容易实现只需将RE完全排除在公式之外...