Question

我正在使用以下多列格式的文本文件

ATOM      1  N   MET A   1      24.950   5.224  -5.601  1.00 30.01           N  
ATOM      2  CA  MET A   1      24.822   3.740  -5.655  1.00 30.25           C  
ATOM      3  C   MET A   1      23.719   3.091  -4.771  1.00 28.98           C  
ATOM      4  O   MET A   1      23.417   1.937  -4.989  1.00 28.27           O  
ATOM      5  CB  MET A   1      26.187   3.043  -5.448  1.00 31.03           C  
ATOM      6  CG  MET A   1      26.869   3.182  -4.084  1.00 32.21           C  
ATOM      7  SD  MET A   1      28.713   3.095  -4.227  1.00 34.63           S  
ATOM      8  CE  MET A   1      29.205   3.597  -2.564  1.00 33.32           C  
ATOM      9  N   LYS A   2      23.111   3.804  -3.818  1.00 27.78           N  
ATOM     10  CA  LYS A   2      21.869   3.310  -3.188  1.00 27.21           C  
ATOM     11  C   LYS A   2      20.671   4.237  -3.440  1.00 26.27           C  
ATOM     12  O   LYS A   2      20.787   5.445  -3.300  1.00 25.96           O  
ATOM     13  CB  LYS A   2      22.027   3.091  -1.684  1.00 27.32           C  
ATOM     14  CG  LYS A   2      20.820   2.362  -1.065  1.00 27.75           C  
ATOM     15  CD  LYS A   2      20.953   2.147   0.439  1.00 28.18           C  
ATOM     16  CE  LYS A   2      19.928   1.130   0.938  1.00 29.30           C  
ATOM     17  NZ  LYS A   2      20.083   0.809   2.386  1.00 30.36           N1+
ATOM     18  N   PHE A   3      19.528   3.658  -3.808  1.00 24.92           N  
ATOM     19  CA  PHE A   3      18.306   4.421  -4.054  1.00 24.39           C  
ATOM     20  C   PHE A   3      17.161   3.823  -3.246  1.00 24.12           C  
ATOM     21  O   PHE A   3      16.991   2.597  -3.202  1.00 23.77           O  
ATOM     22  CB  PHE A   3      17.940   4.222  -5.535  1.00 23.83           C  
ATOM     23  CG  PHE A   3      19.003   4.968  -6.434  1.00 23.81           C  
ATOM     24  CD1 PHE A   3      19.132   6.337  -6.585  1.00 23.27           C  
ATOM     25  CD2 PHE A   3      19.876   4.135  -7.129  1.00 23.46           C  
ATOM     26  CE1 PHE A   3      20.110   6.868  -7.412  1.00 23.22           C  
ATOM     27  CE2 PHE A   3      20.862   4.660  -7.952  1.00 23.19           C  
ATOM     28  CZ  PHE A   3      20.975   6.027  -8.102  1.00 23.07           C   
TER
ATOM   1755  C1  4XB B 224      -2.316 -11.723  -8.228  1.00 13.30           C  
ATOM   1756  C2  4XB B 224      -3.173 -10.657  -8.950  1.00 14.61           C  
ATOM   1757  O2  4XB B 224      -4.557 -11.027  -8.952  1.00 16.65           O  
ATOM   1758  C3  4XB B 224      -2.726 -10.237 -10.411  1.00 14.12           C  
ATOM   1759  O3  4XB B 224      -3.502  -9.178 -10.953  1.00 16.48           O  
ATOM   1760  C4  4XB B 224      -1.249  -9.979 -10.435  1.00 10.48           C  
ATOM   1761  O4  4XB B 224      -0.865  -9.856 -11.797  1.00  8.86           O  
ATOM   1762  C5  4XB B 224      -0.606 -11.154  -9.841  1.00 11.33           C  
ATOM   1763  O5  4XB B 224      -0.960 -11.228  -8.458  1.00 11.66           O

我需要打印在TER（第一列）之前出现的最后一个残基的编号（在第六列中定义为数字）。

在该示例中，预期输出应为3（下一个字符串上TER之前的第6列的最后一个数字）。

我尝试使用以下AWK计数器对残留物进行计数，但是该计数器对所有残留物的数量进行计数（因此旨在在到达第一列的TERM时将其停止）

 awk '{ a[$4 $6 FILENAME]++ }
   END {
     for (i in a) { b[substr(i,1,3)]++ }
     for (i in b)
     {
       total+=b[i]
     }
     printf "\nTotal no:of residues - %d\n", total
   }' file.pdb

Answer 1

DisplayMode.primaryOverlay

如果这还不是您所需要的，那么请编辑您的问题以阐明您的要求，并提供一个更实际但最小的示例，其中包含简洁，可测试的示例输入和预期输出。

在关键字之前的列中显示最后一个数字

1 个答案: