使用python调用脚本后，对mpirun的os.system（）调用不起作用

Question

我试图在已经通过控制台，jupyter笔记本或Pycharm控制台运行的python代码上运行mpirun。所有代码运行正常，直到对mpirun进程的调用被完全跳过为止。

我创建了两个代码parallel.py，其中包含由mpirun执行的操作；和coder.py，它调用parallel.py。运行coder.py时，除调用parallel.py之外，所有关键步骤均运行。单独运行parallel.py时，代码将正常运行。

parallel.py

from mpi4py import MPI
comm = MPI.COMM_WORLD
print('RANK %s'%comm.rank)

coder.py

import os, sys
syspath = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))

print('Running code')
com = 'mpirun -v -np 3 ' + str(sys.executable) + " -m mpi4py " + syspath + "/parallel.py"
os.system(com)
print('Done')

致电python coder.py后：

预期

Running code
RANK 1
RANK 0
RANK 2
Done

已观察

Running code
Done

致电python parallel.py后：

RANK 1
RANK 0
RANK 2

我猜想，通过在os.system之后调用python，进程已被“阻塞”，并且由于这种“阻塞”，os.system无法调用mpirun。

如果是这样，有什么办法可以规避此选项？

Answer 1

在我的环境（Python 2.7，MPI4Py 3.0.1和MPICH 3.2.1）上，以下代码可以正常工作：

import os
import sys
syspath = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))

print('Running code')
com = 'mpirun -np 3 ' + str(sys.executable) + " " + syspath + "/parallel.py"
print(com)
os.system(com)
print('Done')

当您将其导入parallel.py文件时，似乎不需要在命令行中提供模块mpi4py。另外，我删除了-v选项，该选项增加了很多细节。

Answer 2

我继续执行线程here。经过一些建议，我们意识到mpi4py是为mpi的早期版本编译的。

我卸载了所有内容（计算机上所有可能的mpirun版本），以防万一，在干净的环境中重新安装了conda软件包。现在一切正常。