创建csr_matrix以用于k型化合物

时间:2019-06-23 14:19:03

标签: python csv numpy scipy sparse-matrix

我正在尝试使用k-medoids PAM算法。要聚类的数据以2D矩阵形式形成并存储在csv文件中。如何将csv数据读取到csr_matrix中。
我编写了以下代码,但没有给我一个矩阵。相反,我得到一个列表列表。 此外,如何根据正态矩阵数据创建csr_matrix,并将其传递给k-medoids算法。

datafile = open('...\\DisMatrix_Drug.csv', 'r')
datareader = csv.reader(datafile, delimiter=';')
for row in datareader:
   data.append(row)
# Code to create scr_matrix
data1 = 116
l = []
for i in range(data1):
    l.append((i for x in range(data1)))
row_ind = np.array(l)
col_ind = np.array(l)
data2 = np.array([c for c in data], dtype=float)
mat_coo = sparse.coo_matrix((data2, (row_ind, col_ind)))

不幸的是,我收到以下错误消息:

  

以下错误:mat_coo = sparse.coo_matrix((data2,(row_ind,   col_ind)))

     

TypeError:“>”和“ generator”实例之间不支持   “发电机”

如何解决此错误?

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