Question

我正在尝试编写Rscript来运行系统发育包ape，以便在许多输入文件上运行相同的命令，并为每个输入文件生成具有原始文件名修改版本的输出文件。

这是我要使用的代码：

library(ape)
setwd("/home/wirenia/phylogenomics_projects/Monoplacophora    /2014-09-10_Monoplacophora_fixed_alicut/pruned/OGs_with_LANT/manually_cleaned_alignments/2019-06-19_IQ-TREE_single-gene_trees/")
for (x in list.files(pattern="*.treefile")) {
tree <- read.tree(x)
tree$node.label <- NULL
write.tree(tree, file = x'.nobootstraps.tre')
}

问题显然在write.tree行上，但是我不知道如何解决。这是我收到的错误消息：

Rscript remove_bootstrap_support_values_from_newick_trees.r
Error: unexpected string constant in:
"tree$node.label <- NULL
write.tree(tree, file = tree'.nobootstraps.tre'"
Execution halted

任何帮助将不胜感激。

谢谢！

Answer 1

我相信您需要：

write.tree(tree, file = paste(x, '.nobootstraps.tre'))

代替您的

write.tree(tree, file = x'.nobootstraps.tre'

R无法像您尝试stringvariable"stringliteral"

那样连接字符串

如果以后您有更多与生物信息学有关的问题，建议您转到https://bioinformatics.stackexchange.com/，我想您会得到更快的答复。

如何在R中使用变量指定输出文件名？

1 个答案: