Question

我需要遍历输入文件对 R1 和 R2 ，它们将一起处理，并分别附加一个“ .trim”文件扩展名。

我对python和glob的了解有限，在使用成对输入但只有一个输出的情况下，它们对于类似任务的效果很好。我完全为为什么它不起作用而感到困惑，尽管我确信这很容易解决。

#!/usr/bin/python
import glob
import os
files = glob.glob("ATAC*R1*.fastq.gz")
for ifile in files:
        os.system("cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o %s.trim -p %s.trim %s %s" % (ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2"))

Error: 
 line 7

                                                                                                                                                                                            ^
SyntaxError: invalid syntax

这应该如下：

ATAC2-1_R1_.fastq.gz and ATAC2-1_R1_.fastq.gz -> ATAC2-1_R1_.fastq.gz.trim and ATAC2-1_R1_.fastq.gz.trim.

我要迭代几个R1和R2对。感谢帮助！

Answer 1

唯一的问题是您缺少结尾括号：

    os.system("cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o %s.trim -p %s.trim %s %s" % (ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2")))

您只需要添加结尾括号，就应该停止遇到该语法错误。

Answer 2

我不会尝试使用％s占位符来执行此操作，而是尝试使用.format（），如下所示：

"cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o {0}.trim -p {1}.trim {2} {3}".format(ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2"))

如何修复此python％s占位符排列

2 个答案: