我使用具有特定数据类的某些程序包进行了一些预处理，现在我像往常一样尝试访问某些数据感到困惑。
str(metadata)
'data.frame': 51 obs. of 11 variables:
Formal class 'sample_data' [package "phyloseq"] with 4 slots
..@ .Data :List of 11
.. ..$ : Factor w/ 51 levels "1_S51","10_S60",..: 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 ...
.. ..$ : int 10 11 13 14 15 16 17 18 19 1 ...
.. ..$ : Factor w/ 13 levels "1","10","11",..: 2 3 1 5 6 7 8 9 10 1 ...
.. ..$ : Factor w/ 2 levels "Control","Stool": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
.. ..$ : Factor w/ 3 levels "Control","ZT14",..: 3 3 2 2 2 2 2 2 2 3 ...
.. ..$ : Factor w/ 3 levels "1","2","Control": 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 ...
.. ..$ : Factor w/ 3 levels "AdLib","Control",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ...
.. ..$ : Factor w/ 3 levels "Control","RC",..: 2 3 2 2 3 3 2 2 3 2 ...
.. ..$ : Factor w/ 3 levels "Control","Female",..: 2 3 3 2 3 2 3 2 3 3 ...
.. ..$ : Factor w/ 5 levels "Control","RC_AdLib",..: 3 5 3 3 5 5 3 3 5 3 ...
.. ..$ : Factor w/ 5 levels "Control","RC_1",..: 2 4 3 3 5 5 3 3 5 2 ...
..@ names : chr "SampleID" "SampleNumber" "MouseTime" "SampleType" ...
..@ row.names: chr "10_S60" "11_S61" "13_S62" "14_S63" ...
..@ .S3Class : chr "data.frame"
例如，以前将我的元数据作为“正常”数据框，可以将其与其他数据框合并。现在我不确定该怎么做。
dat.czm.annot.otu<-merge(dat.czm.otu,metadata,by.x="row.names",by.y="SampleID")
Error in validObject(.Object) :
无效的“ sample_data”类对象：示例数据的尺寸必须为非零。
我已经尝试过这种解决方法，但是我想知道是否有“应该”执行此操作的其他方式。谢谢
metadata.2<-as.data.frame(slot(metadata,".Data"))
colnames(metadata.2)<-colnames(metadata)