霍恩斯菲尔德部队可以转移吗？

Question

我正在从LIDC数据库中进行一些胸部扫描，我正在尝试对它们进行迭代（最佳）阈值提取肺区域。 尽管他们使用相同的数据库，但许多研究人员使用的初始阈值（或大约-500）。 我引用

  

每个肺部CT扫描的HU值范围为+2000至-2000HU。肺区域是从-1000到-450HU的低密度区域，称为非身体区域。

我为此目的使用Matlab，我的扫描范围不同，问题是，没有一个肺区域的范围在（-1000到-450HU）之间（或者至少据我所知） ，除边缘区域（扫描仪产生的区域）以外，所有区域范围都在0以上且。

如何使那些扫描具有正常范围（移动hounsfield单位或其他），以使我的肺部窗口（宽度为1500，中心为-500）正常工作？

扫描示例： Here's a Dicom slice with the properties below:

• 寡妇中心：-600
• 窗口宽度：1600
• 重新缩放拦截：-1024
• 最小值：-1024
• 最大值：+4095

我正在使用dicomreadVolume函数读取扫描结果：

% Read the scan volume: (the result will be in 4D )
[V,s,d] = dicomreadVolume(fullfile('scan folder...'));

% Convert into 3D:
V2 = squeeze(V);

% display the slice number 83
imtool(V2(:, :, 83));

Answer 1

从直方图看，函数dicomreadVolume（）似乎没有考虑“重新缩放斜率”和“重新缩放拦截”。我假设图像的像素表示形式（0028，0103）为0（=无符号整数）。

因此，实际上，您不是在Matlab中处理HU，而是在处理原始像素值。通过将线性变换应用于每个像素来实现对HU的变换。线性变换由Rescale Intercept（0028,1052）和Rescale Slope（0028,1053）定义：

<pixel value in HU> := RescaleIntercept + RescaleSlope * <untransformed pixel value> 

我强烈建议您采用这种方式，而不是将范围从一个特定图像中获取某个随机值。这是因为HU在扫描的所有图像中均有效。

Answer 2

除了 kritzel_sw 的答案之外，您还可以使用 dicominfo 函数访问 MATLAB 中的任何重缩放斜率和重缩放截距，该函数提供对大多数 dicom 标签的访问：

files = fullfile('scan folder...')

% Read all meta information (dicom tags)
metaInfo = dicominfo(files{1});

% Read the scan volume: (the result will be in 4D )
[V,s,d] = dicomreadVolume();
V = metaInfo.RescaleIntercept + metaInfo.RescaleSlope * squeeze(V); 

这将正确地重新调整像素值。对于一致的 dicom 堆栈，重新缩放截距和斜率应该相同，但如果您想确保可以遍历所有切片（文件）并比较值或将它们应用到体积 V 的相应 z 切片上。