了解简单的网络图表

Question

考虑这个简单的例子

mynodes_alt <- tibble(id = c(1,2,4,5),
                  mygroup = c(2,2,3,3))

myedges_alt <- tibble(from = c(1,1,4),
                  to = c(4,2,3),
                  power = c(3,3,3))

tbl_graph(nodes = mynodes_alt, edges = myedges_alt) 

# A tbl_graph: 4 nodes and 3 edges
#
# A rooted tree
#
# Node Data: 4 x 2 (active)
     id mygroup
  <dbl>   <dbl>
1     1       2
2     2       2
3     4       3
4     5       3
#
# Edge Data: 3 x 3
   from    to power
  <int> <int> <dbl>
1     1     4     3
2     1     2     3
3     4     3     3

如您所见，这里只有3条边。但是，使用ggraph创建网络视图会生成令人费解的图表。

tbl_graph(nodes = mynodes_alt, edges = myedges_alt) %>%  
  ggraph(layout = 'grid') + 
  geom_node_point(aes(color = factor(mygroup))) +
  geom_edge_arc(aes(alpha = power, label = power)) + 
  geom_node_text(aes(label = id), repel = TRUE) +
  theme_graph()

这是怎么回事？ 该节点5来自哪里？应该没有边缘。

谢谢！

Answer 1

证明根本没有错误！在内部，tidygraph中的节点按行顺序编制索引！因此我的ID变量具有误导性。

在边缘数据中，从1到4的链接实际上表示从节点数据的第一行的节点到第四行的节点的链接！