抑制输出，保持平移并在R markdown中绘图

Question

我的Rmd文件中包含以下代码：

library(randomForestSRC)
library(ggRandomForests)
rf_all <- rfsrc(Y ~ ., data=df, block.size=1, ntree=100, importance=TRUE)
plot(gg_vimp(vimp.rfsrc(rf_all))) + theme(legend.position = "none") 
rf_select <- var.select.rfsrc(rf_all)
pander(rf_select$varselect)
confmat <- confusionMatrix (rf_all$class.oob, data$Enddiagnosegruppe)
pander(confmat$table)   

我正在尝试创建HTML报告，但是我终生无法找出要使用的块选项：

1. rfsrc函数的输出被抑制。
2. 所有情节出现。
3. 对pander的调用会产生格式正确的输出。

我已经尝试了消息，警告，错误的块选项的几乎所有组合，以及将我的代码的某些部分包装在invisible（），capture.output（）中，以及在使用panderOptions（'knitr）。 auto.asis”（假）。似乎没有任何效果，或者消息没有被抑制，pander表看起来很奇怪，空节标题无处不在（我猜是在某个地方插入了“ ##”），没有运气。我觉得我想念这里的树林。更不用说该代码应该包装在生成不同公式的循环中。有关如何使其正常工作的任何建议？

Answer 1

使用以下作品：

rf_select <- var.select.rfsrc(rf_all, verbose=FALSE)
cat("\n")
pander(rf_select$varselect)

问题在于var.select.rfsrc（）使用cat（）而不是message（），并且以某种方式添加换行是必要的，因为否则，第一个Pander表将与markdown文件中的前一行一起运行。 / p>