Question

所以我有一个包含n个图像的文件夹，我想用readImage函数打开并保存。现在，一位同事写了一些类似的东西来仅打开和存储图像的名称。我想执行以下操作：

setwd（“〜/ ABC / One_Folder_Up”）

img_src <-“ FolderOfInterest”

image_list <-list.files（path = img_src，pattern =“ ^ closed”）

但是以实际的.tif图像命名为例如：closed100，closed101，.... closed201

上面的代码非常适合获取名称。但是，如何获得这种类型的图案，却打开并保存图像？输出是每个图像的大矩阵。

所以对于n = 1到n，我要执行以下操作：

closed175 <-readImage（“ closed175.tif”）

ave175 <-均值（closed175）

SD175 <-SD（closed175）

我假设第一部分中显示的图像列表可以在所需的循环中使用？

然后，在将图像另存为自己的矩阵并计算所有平均值和SD之后，我想将平均值和SD放入这样的矩阵中：

imavelist <-c（ave175，ave176，...... ave200）

对不起，不是专家编码员。谢谢！

编辑：maybe lapply?

edit2：如果我使用this suggestion，

要求（成像仪）

closed_images <-lapply（closed_im_list，readImage）

closed_im_matrix = do.call（'cbind'，lapply（closed_images，as.numeric））

然后我需要一个循环，将图像堆栈矩阵的每个元素另存为自己的单独图像。

Answer 1

setwd("~/ABC/One_Folder_Up/FolderOfInterest/")
#for .tif format
image_list=list.files(path=getwd(), pattern = "*.tif")
# for other formats replace tif with appropriate format. 
f=function(x){
y=readImage(x)
mve=mean(y)
sd=sd(y)
c(mve,sd)
}

results=data.frame(t(sapply(image_list,f)))
colnames(results)=c("average","sd")

3张图片的结果：

> results
                average        sd
Untitled.tif  0.9761128 0.1451167
Untitled2.tif 0.9604224 0.1861798
Untitled3.tif 0.9782997 0.1457034
>

如何在R的文件夹中打开和存储一系列图像？

1 个答案: