如何使用某些标准对数据进行分组并按频率对其进行排序，然后将其制成图表？

Question

我有由不同类别的不同处理方法（4）提供的地块（100）的植物物种数据。如果同一地块内的物种相同，而同一地块内的物种不同，我想添加类。然后我要根据类别对整个100个地块中的物种进行排名。之后，我想按类别和处理方法绘制前五个物种。

我的数据如下：

Plot    Treatment   Species CLA CLB CLC CLD
PL21    TF  Carya ovata 0   1   0   0
PL21    TF  Carya ovata 0   1   0   0
PL21    TF  Asimina triloba 0   1   0   0
PL21    TF  Prunus serotina 0   1   0   0
PL22    TF  Cornus florida  0   1   0   0
PL22    TF  Carya ovata 0   1   0   0
PL1     BF  Fagus grandifolia   0   0   1   0
PL1     BF  Nyssa sylvatica 0   1   0   0
PL6     BF  Ostrya virginiana   0   1   0   0
PL6     BF  Fraxinus pennsylvanica  0   1   0   0
PL6     BF  Carya cordiformis   0   1   0   0
PL6     BF  Magnolia acuminata  0   0   1   0
PL6     BF  Acer saccharum  0   0   0   1
PL6     BF  Ostrya virginiana   0   1   0   0
PL14    CE  Sassafras albidum   0   1   0   0
PL14    CE  Acer saccharum  0   0   0   1
PL15    CE  Sassafras albidum   0   0   1   0
PL15    CE  Carya cordiformis   0   0   0   1
PL12    WE  Acer saccharum  0   0   1   2
PL13    WE  Acer rubrum 0   3   0   0
PL13    WE  Ostrya virginiana   0   3   0   0
PL13    WE  Ostrya virginiana   0   3   0   0
PL56    TF  NA  0   0   0   0
PL33    CW  NA  0   0   0   0

首先，我想按类别在相同地块编号内添加相同物种，如下所示：

Plot    Treatment   Species CLA CLB CLC CLD
PL21    TF  Carya ovata 0   2   0   0
PL21    TF  Asimina triloba 0   1   0   0
PL21    TF  Prunus serotina 0   1   0   0
PL22    TF  Cornus florida  0   1   0   0
PL22    TF  Carya ovata 0   1   0   0
PL1     BF  Fagus grandifolia   0   0   1   0
PL1     BF  Nyssa sylvatica 0   1   0   0
PL6     BF  Ostrya virginiana   0   2   0   0
PL6     BF  Fraxinus pennsylvanica  0   1   0   0
PL6     BF  Carya cordiformis   0   1   0   0
PL6     BF  Magnolia acuminata  0   0   1   0
PL6     BF  Acer saccharum  0   0   0   1
PL14    CF  Sassafras albidum   0   1   0   0
PL14    CF  Acer saccharum  0   0   0   1
PL15    CF  Sassafras albidum   0   0   1   0
PL15    CF  Carya cordiformis   0   0   0   1
PL13    CF  Acer rubrum 0   3   0   0
PL13    CF  Ostrya virginiana   0   6   0   0

在那之后，如果我想绘制一个前五种物种的图，如下图所示，那么我很难手工绘制出来。

如果可能的话，我希望所有前五种物种的图表都在同一面板中。如何进行？我试图对数据进行排序，然后求和，代码似乎可以正常工作，直到newdata之后将无法工作。

library(plyr)
data<-read.table("plantsp.csv", header=T, sep=",")
newdata <- data\[order(data$plot, data$Species),\]
data.new <-ddply(newdata, c("data$plot","data$Species"), summarise, fun=sum,na.rm=T)

我想要一个前5种物种的频率图。