AttributeError:“列表”对象没有属性“拆分” VCF

时间:2019-06-15 20:42:51

标签: python

我正在编写python代码来修改vcf文件,但是出现一个错误,我有几个小时无法修复。

这是所涉及代码的一部分:

def liste_genes(variantsYN):
    retour=[]
    print variantsYN.split(";")[0]
    if variantsYN.split(";")[0] not in retour:
        retour.append(variantsYN.split(";")[0])

    return retour

终端输出:

['1', '783071', 'rs142849724', 'C', 'T', '.', 'PASS', 'ENSG00000228794;ENST00000624927|ENST00000623808|ENST00000445118|ENST00000448975|ENST00000610067|ENST00000608189|ENST00000609139|ENST00000449005|ENST00000416570|ENST00000623070|ENST00000609009|ENST00000622921', 'GT', 'C;', 'C;', 'T;|C;', 'C;', 'T;|C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;|T;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;|T;', 'C;', 'C;', 'C;', 'C;|T;', 'C;', 'C;', 'C;\n']
('chromosome', '1')
variantsYN : ['ENSG00000228794;ENST00000624927|ENST00000623808|ENST00000445118|ENST00000448975|ENST00000610067|ENST00000608189|ENST00000609139|ENST00000449005|ENST00000416570|ENST00000623070|ENST00000609009|ENST00000622921']

返回的错误:

Traceback (most recent call last):
  File "alloscore2.py", line 476, in <module>
    creation_dico(dic_localisation_atlas,"vcf.vcf",Paris_Cohorte,"Paris",dico_transm_ensembl)
  File "alloscore2.py", line 333, in creation_dico
    liste_g=liste_genes(variantsYN)
  File "alloscore2.py", line 115, in liste_genes
    print variantsYN.split(";")[0]
AttributeError: 'list' object has no attribute 'split'

谢谢。谢谢。

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