Question

我正在尝试在书本中渲染一本书，并从中获得多个输出。具体来说，我正在寻找一个完整的.md文件（所有.Rmd章节文件的折叠版本），格式正确的html文件和gitbook文件。

这样做的目的是使我的PI可以直接编辑完整的.md文件（她不知道Bookdown），然后在重新呈现该书之前，我将更新实际的.Rmd章文件。 html文件是对整个内容的简洁视图，而gitbook则是为了证明我可以进行多个输出。

我整天都在搜索bookdown和Rmarkdown指南，并在bookbook软件包的各种github问题中进行搜索。我认为可能发生的情况是我有太多的输出命令，但似乎每个命令的行为都不同。我检查了以前的SO帖子，但没有找到任何专门解决此问题的方法。

我有以下文件：

_bookdown.yml，未指定输出格式。
_output.yml只有两个输出
index.Rmd。

我一直在尝试不同的组合以查看是否可以使用，这些在下面的代码中标记了

#_bookdown.yml
book_filename: "fname"
delete_merged_file: true
before_chapter_script: "script1.R"
language:
  ui:
    chapter_name: "Chapter "
repo: https://website
output_dir: "output_files"
rmd_files: ["index.Rmd", "01-abstract.Rmd", "02-intro.Rmd", "03-methods.Rmd",
            "04-results.Rmd", "05-discussion.Rmd", "06-conclusion.Rmd", "07-references.Rmd"]
clean: [packages.bib, bookdown.bbl]
new_session: yes

_output.yml的代码有效，并且以Yihui's的样式给了我一本gitbook，但没有给我单独的html_book。

#_output.yml
bookdown::gitbook: default

bookdown::html_book:
  theme: "lumen"

#index.Rmd
---
title: "title"
author: "me"
output:
  bookdown::html_book: default
  bookdown::gitbook: default
documentclass: book
site: bookdown::bookdown_site
bibliography: [book.bib, packages.bib]
biblio-style: apalike
link-citations: yes
github-repo: manuscript
description: "journal article"
---

```{r include=FALSE}
# automatically create a bib database for R packages
knitr::write_bib(c(
  .packages(), 'bookdown', 'knitr', 'rmarkdown', 'lme4', 'AICcmodavg', 'car', 'piecewiseSEM', 'MuMIn', 'stringr', 'dplyr', 'ggplot2', 'devtools', 'rgdal', 'broom', 'sf', 'ggthemes', 'rgeos', 'RCurl', 'readxl', 'pointRes', 'dplR', 'data.table', 'tools', 'reshape2', 'kableExtra'
), 'packages.bib')

在index.Rmd文件中，

#this code makes the .md file but not a correctly-formatted html
output:
  bookdown::html_book:
  bookdown::gitbook:

#this code makes a correctly-formatted html file but not a .md file
output:
  html_document:
    theme: !expr sample(c("yeti", "united", "lumen"), 1)
  gitbook:
    highlight: tango

我也不确定以下代码示例之间的语法差异。我假设这与RMarkdown vs Bookdown有关？

output: html_document

#compared to

output:
  bookdown::html_document:

我希望这是由于我对Bookdown和RMarkdown的误解，尤其是当两者的语言如此相似时。让我知道是否有任何不清楚的地方，我可以尝试澄清。谢谢！

如何在index，_bookdown.yml和_output.yml

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