R热图：在顶部显示高表达值

Question

Heatmap with high expression values on the bottom

我是Rstudio的新手，我正尝试使用r中的heatmaply函数制作一个热图，但是在某些热图（具有不同数据）中，高表达值（红色）显示在顶部，而另一个则显示数据集中，高表达值显示在底部，低表达值显示在顶部，如图所示。

我对不同的数据集使用相同的代码

heatmaply(Heatmap_DEXFORM, dendrogram = "row", scale_fill_gradient_fun = scale_fill_gradient2(low="blue",high="red", midpoint=0,limits=c(-4,6))

这是我的数据成形方式的结果吗？是否像我其他的热图一样，有一个命令可以使热图翻转，使高表达值显示在顶部？

谢谢！

Answer 1

热图通常基于hierarchical clustering而不是值的大小排序。要根据幅度进行排序（顶部较高，反之亦然），则需要提供树状图（如Tal建议）或手动重新排序数据（例如，基于行总和或行均值（或列总和/ ））。

请参见下面的玩具示例。

mat <- scale(mtcars)
heatmaply(mat, dend = "none")
heatmaply(mat[order(rowSums(mat)), ], dend = "none")