Question

我有一个约60列的数据框，我想做一个主成分分析（PCA），但只包含一些列。有没有办法在唯一标签下重新组合这些列并在反应式输出中调用该标签？

这是一个可重复的示例：

首先：我们在mtcars中创建了两个子组（CAT1和CAT2），并创建了一个包含列名称的向量（不需要所有这些包）

library(easypackages)
libraries("readxl", "tidyselect", "DT", "shiny", "treemap", "plm", "shinydashboard", "data.table", "formattable", "plotly", "FactoMineR", "factoextra")

CAT1 <- mtcars[, 3:5]
CAT2 <- mtcars[, 5:8]
noms1 <- names(CAT1)
noms2 <- names(CAT2)

然后，创建UI，在其中将包含名称的两个向量放在choices中：

ui <- dashboardPage(
  dashboardHeader(title = "test with mtcars", titleWidth = 1000),
  dashboardSidebar(
    selectizeInput("var.acp", "PCA variables", 
                   choices = c("noms1", "noms2"),
                   selected = "noms1", multiple = FALSE),
    selectizeInput("sample", "Sample", choices = unique(rownames(mtcars)), 
                   selected = rownames(mtcars), multiple = TRUE)
  ),
  dashboardBody(
    tabsetPanel(
      tabPanel("test with mtcars",
               box(title = "PCA mtcars",
                   status = "primary",
                   solidHeader = TRUE,
                   collapsible = TRUE,
                   dataTableOutput("pca"),
                   width = 12)
               )
      )
    )
  )

最后，这是我要创建的输出的代码：


  server <- function(input, output) {

    sample.choice <- reactive({
      out <- input$sample
      out
    })

    acp <- reactive({
      out <- input$var.acp
      out
    })

    user.selection <- reactive({
      data.user <- mtcars[rownames(mtcars) %in% sample.choice(), ]
      data.user <- mtcars[, acp()]
    })

    output$pca <- renderDataTable({
      dpca <- user.selection()
      dpca <- na.omit(dpca)
      tmp <- prcomp(dpca, scale = TRUE)
      tmp <- data.table(get_eig(tmp))
      tmp
    })
  }


shinyApp(ui, server)

输出应该是一个表，其中包含在mtcars的两个子组中的每个子组上实现的PCA的特征值。但是，出现错误：undefined columns selected。该错误必定是data.user <- mtcars[, acp()]引起的，但这很奇怪，因为mtcars在我调用列时会识别它们：

head(mtcars[, noms1])

    # disp  hp drat
    # Mazda RX4          160 110 3.90
    # Mazda RX4 Wag      160 110 3.90
    # Datsun 710         108  93 3.85
    # Hornet 4 Drive     258 110 3.08
    # Hornet Sportabout  360 175 3.15
    # Valiant            225 105 2.76

有没有办法解决这个问题？（很抱歉，如果消息有点长）

Answer 1

根据史蒂芬·洛朗（StéphaneLaurent）的回答，以下是解决方法：

    acp <- reactive({
      out <- switch(input$var.acp, "noms1"=noms1, "noms2"=noms2)
      out
    })

代替

    acp <- reactive({
      out <- input$var.acp
      out
    })

在server中。

R Shiny：将变量分组在唯一标签下，并在无功输出中使用该标签

1 个答案: