我正在使用命令行运行R-markdown：
Rscript -e“ rmarkdown :: render（'BRS_totalRNA.Rmd'，output_file ='BRS_totalRNA.html'）”
我的代码运行良好，直到生成HTML文件的最后一步。
我的代码是这样的：
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title: "BRS"
author: "Jieqiong Dai"
date: "May 1, 2019"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r}
#calculate BRAS-RAS scoring
library(DESeq2)
#reads in total RNA reads count data
rna <- read.csv("/data/daij/project/Chernobyl_phase123/phase1234/corrected_read_count/totalRNA/phase1234_totalRNA_reads_count_ready.csv",header=T,row.names=1)
head(rna)
ncol(rna)
nrow(rna)
#read in sample table
sample <- read.csv("/data/daij/project/Chernobyl_phase123/phase1234/corrected_read_count/totalRNA/tumorVSnormal/phase1234_totalRNA_sample_table_inuse.csv",header=T,row.names=1)
head(sample)
nrow(sample)
ncol(sample)
...
BRS3 <- TB3-TR3
BRS3 <- matrix(BRS3,ncol=1, byrow=T)
colnames(BRS3) <- c("BRS")
rownames(BRS3) <- colnames(top100c_vst_tu)
write.csv(BRS3,"tumor_BRS_totalRNA_183_40.csv")
save.image("totalRNA_BRS.Rdata")
```
## Including Plots
You can also embed plots, for example:
```{r, echo=TRUE}
```
所有输出数据文件均已生成，并且“ totalRNA_BRS.Rdata”已成功保存。
错误消息是：
输出文件：BRS_totalRNA.knit.md
文件错误（con，“ w”）：无法打开连接 调用：... pandoc_html_extras_args-> as_tmpfile-> write_utf8-> writeLines->文件 另外：警告消息： 在file（con，“ w”）中： 无法打开文件'/tmp/RtmpB2YFLy/rmarkdown-str9c2b4aaf8416.html'：没有此类文件或目录 执行停止
有人对此有想法吗？
谢谢！