Question

我正在尝试从单个基因的RNA序列数据中绘制计数图。我只对每种疗法与对照组之间的比较感兴趣，并且我的数据是配对的，所以我试图证明这一点。通过使用DEseq2的plotCounts函数，我设法在左侧（Counts of single gene）上绘制了图形，然后对图形进行了一些修改。代码如下：

data <- plotCounts(dds, gene="GB41122", intgroup=c("Treatment", "Home", "Behaviour"), returnData=TRUE)
data <- ggplot(data, aes(x=Treatment, y=count, shape = Behaviour, color=Home, group=Home)) +
  scale_y_log10() + 
  geom_point() + geom_line()

如何修改它，以使图形看起来像右边的图形？

另外，我该如何重新排序治疗水平，以使点击率位于左侧，然后是CO1和CO2呢？

谢谢！安德里亚

Answer 1

我不知道如何更改行，但是要调整处理级别，请尝试将其添加到您的代码中：

+ scale_x_discrete(limits=c("Ctr", "CO1", "CO2"))

如何使计数图中的所有线都从对照组开始

1 个答案: