Question

我正在尝试创建代码以将基因文件与基因面板进行比较。基因面板文件为csv格式，具有染色体，基因，起始位置和终止位置。患者文件具有染色体，突变和位置。所以我做了一个循环，将基因组信息传递给一个函数，在该函数中进行比较以返回相似项目列表。当我使用手动数据调用该功能时，该功能很棒。但不要在循环内进行比较。

import vcf
import os, sys

records = open('exampleGenePanel.csv')
read = vcf.Reader(open('examplePatientFile.vcf','r'))

#functions to find mutations in patients sequence
def findMutations(gn,chromo,start,end):
    start = int(start)
    end = int(end)
    for each in read:
        CHROM = each.CHROM
        if CHROM != chromo:
            continue
        POS = each.POS
        if POS < start:
            continue
        if POS > end:
            continue
        REF = each.REF
        ALT = each.ALT
        print (gn,CHROM,POS,REF,ALT)
        list.append([gn,CHROM,POS,REF,ALT])
    return list

gene = records.readlines()

list=[]
y = len (gene)
x=1
while x < 3:
    field = gene[x].split(',')
    gname = field[0]
    chromo = field[1]
    gstart = field[2]
    gend = field[3]
    findMutations(gname,chromo,gstart,gend)
    x = x+1
if not list:
    print ('Mutation not found')
else:
    print (len(list),' Mutations found')
    print (list)

我想在列表中获取匹配突变的详细信息。当我手动将数据传递给该函数时，这将按预期工作。例如findMutations（'TESTGene'，'chr8'，'146171437'，'146229161'）但是在循环中无法比较

Answer 1

问题在于，findMutations每次都试图从read读取，但是在第一次调用之后，read已经被读取，什么也没剩下。建议在调用函数之前先读取read的内容，然后将结果保存在列表中。然后findMutations可以在每次调用列表时读取它。

在结果列表中使用list以外的名称也是个好主意，因为该名称与Python内置函数冲突。最好让findMutations返回其结果列表，而不是将其附加到全局列表中。

Python函数在循环内不起作用

1 个答案: