删除重复序列

Question

我是Ruby新手，我喜欢一些指示。我有一个包含以下许多内容的文件：

更新：

+ 

?@??>=???>?>??>?>=9>>==?2>===<=>=== @IL9_2657:1:1:1:1217/1 

TTTTCCGTGCTTTTTTTTTCGGTTCGATCCCCTCTTT

 +

我想要一个脚本，对每个包含+到+的块说，如果序列有

，则删除块

TTTTTTTTT.

提前致谢。

标记

Answer 1

这应该做：

s = 'preceding_string+ ?@??>=???>?>??>?>=9>>==?2>===<=>=== @IL9_2657:1:1:1:1217/1 TTTTCCGTGCTTTTTTTTTCGGTTCGATCCCCTCTTT +following_string'

s.gsub!(/\+[^+]*TTTTTTTTT[^+]*\+/, '')
p s

# => "preceding_stringfollowing_string"

Answer 2

首先将数据拆分为数组。 scan可以使用简单的正则表达式执行此操作。然后，您可以使用reject!删除不需要的项目。例如：

data = "+x+ +y+ +TTTTTTTTT+ +z+"

blocks = data.scan(/\+[^+]+\+/)
blocks.reject! { |b| b.include? "TTTTTTTTT" }

p blocks
# => ["+x+", "+y+", "+z+"]

Answer 3

ruby -0777 -ne 'puts $_.split(/\+/).reject{|x| x[/TTTTTTT/] }.join("+")' file

Answer 4

序列中是否含有过多的腺嘌呤？如果是这样，使用bioruby得到序列的反向补码。