Question

我有关于增加光照下微藻的光合活性的数据。 PAR：是不同的曝光量，（x，自变量） ETR：是光合作用的活性（y，因变量）。

PAR ETR
1   0.409090909
46  18.81818182
126 51.54545455
234 93.6
404 173.1428571
656 246
816 272

我能够绘制出样本点并获得曲线。但是我想使用以下公式将这些点拟合到特定的非线性模型中： ETR = PAR /（（（a PAR ^ 2）+（b PAR）+ c）我将Nls函数用作镶嵌软件包的一部分，该镶嵌软件包使用了nls函数，如代码所示：

TABLE=read.table("sample 2.txt", header = TRUE)
TABLE
plotPoints(ETR~PAR, data= TABLE)
f<-fitModel(ETR ~ PAR/((a*PAR^2)+(b*PAR)+c),data = TABLE, start = list(a=0, b=0.004, c=1))
coef(f)
plotFun(f, add=TRUE)

我的结果：

> TABLE=read.table("sample 2.txt", header = TRUE)
> TABLE
  PAR         ETR
1   1   0.4090909
2  46  18.8181818
3 126  51.5454546
4 234  93.6000000
5 404 173.1428571
6 656 246.0000000
7 816 272.0000000
> plotPoints(ETR~PAR, data= TABLE)
> f<-fitModel(ETR ~ PAR/((a*PAR^2)+(b*PAR)+c),data = TABLE, start = list(a=0, b=0.0035, c=1))
> coef(f)
            a             b             c 
 2.921397e-06 -2.027561e-03  2.718527e+00 
> plotFun(f, add=TRUE)

问题是我不想对系数a，b和c取负值。这是因为我将需要这些系数来获得生物因子ETRmax = 1 / b + 2ac，Ek = c / b + 2ac，alfa = 1 / c，这不能为负。我还需要使用Gauss-newton最小二乘法，而不要使用其他可以指定下限和上限的算法。我尝试使用端口算法来指定0的下限，但是问题是b为0，我不希望b为0，我希望所有变量都大于0。但是我解决不了这个问题。希望您能帮助我，谢谢。

Answer 1

用\/tmp\/(2019060[6-9]|201906[1-3][0-9]|20190[7-9][0-9]{2})指定下限：

lower = c(0, 0, 0), alg = "port"

使用拟合模型或nls函数约束coef输出

1 个答案: