我需要在Rstudio中为气道包装准备计数矩阵

Question

我需要使用Rstudio中的 airway 软件包分析rna-seq数据，我需要开始准备计数矩阵（我已经下载了SRA文件+参考基因组），但我不知道开始。我正在努力使读段与参考基因组比对

我在Rstudio中输入了以下代码：

for f in 'cat files'; do STAR --genomeDir ../STAR/ENSEMBL.homo_sapiens.release-75 \
--readFilesIn fastq/$f\_1.fastq fastq/$f\_2.fastq \
--runThreadN 12 --outFileNamePrefix aligned/$f.; done

并收到此错误：

Error: unexpected symbol in "for f"
 --readFilesIn fastq/$f\_1.fastq fastq/$f\_2.fastq \
Error: unexpected symbol in "--readFilesIn fastq"
 --runThreadN 12 --outFileNamePrefix aligned/$f.; done
Error: unexpected numeric constant in "--runThreadN 12"