我正在尝试安装Snakemake。
当我尝试使用pip时，收到以下错误消息：
错误：命令'C：\ Python \ Python37 \ python.exe'的完整输出-u -c'导入设置工具，标记化； 文件 ='“'''C：\ Users \ ANGELA〜1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-install-1kbp7voq \ datrie \ setup.py'“'”'; f = getattr（tokenize，'“'”'open'“'”'，打开）（ file ）; code = f.read（）。replace（'“”“'\ r \ n'”'“'，'”'“'\ n'”'“'））; f.close （）; exec（compile（code， file ，'“'”'exec'“'”'）））'安装-记录'C：\ Users \ ANGELA〜1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-record-_eliva3i \ install-record.txt'-单一版本-外部管理-编译： 错误：正在运行安装 运行构建 运行build_clib 建立“ libdatrie”库 创建版本 创建build \ temp.win-amd64-3.7 创建build \ temp.win-amd64-3.7 \ libdatrie 创建build \ temp.win-amd64-3.7 \ libdatrie \ datrie C：\ Program Files（x86）\ Microsoft Visual Studio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.21.27702 \ bin \ HostX86 \ x64 \ cl.exe / c / nologo / Ox / W3 / GL / DNDEBUG / MD -Ilibdatrie“ -IC：\ Program Files（x86）\ Microsoft Visual Studio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.21.27702 \ ATLMFC \ include”“ -IC：\ Program Files（x86）\ Microsoft Visual Studio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.21.27702 \ include“ /Tclibdatrie\datrie\alpha-map.c /Fobuild\temp.win-amd64-3.7\libdatrie\datrie\alpha-map.obj alpha-map.c libdatrie \ datrie \ alpha-map.c（27）：致命错误C1083：无法打开包含文件：'ctype.h'：没有此类文件或目录 错误：命令'C：\ Program Files（x86）\ Microsoft Visual Studio \ 2019 \ Community \ VC \ Tools \ MSVC \ 14.21.27702 \ bin \ HostX86 \ x64 \ cl.exe'失败，退出状态为2 ---------------------------------------- 错误：命令“'C：\ Python \ Python37 \ python.exe'-u -c'导入setuptools，标记化； 文件 ='”'“'C：\ Users \ ANGELA〜1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-install-1kbp7voq \ datrie \ setup.py'“'”'; f = getattr（tokenize，'“'”'open'“'”'，打开）（文件）; code = f.read（）。replace（''''“'\ r \ n'”'“'，'”'“'\ n'”'“'）; f.close（）; exec（编译（代码，文件，'“'”'exec'“'”'）））'安装-记录'C：\ Users \ ANGELA〜1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-record -_eliva3i \ install-record.txt'--single-version-externally-managed --compile“在C：\ Users \ ANGELA〜1 \ AppData \ Local \ Temp \ pip-install-1kbp7voq \ datrie中失败，错误代码为1 \
我已经下载了用于MS Visual Studio 2019的C ++和python构建工具。我还升级了安装工具。
当我尝试使用anaconda提示符进行安装时，出现以下提示：
PackagesNotFoundError：当前频道不提供以下软件包：
- snakemake-> pygraphviz
$ conda安装pygraphviz
也会产生相同的消息，并且我将conda-forge附加到了通道上。
答案 0 :(得分：0)
conda install -c bioconda snakemake
该软件包位于bioconda频道中。最好填写https://anaconda.org/并搜索要安装的任何新软件包，因为该网站实际上会告诉您该软件包位于哪个渠道。
答案 1 :(得分：0)
pip错误有一些相关问题（例如Cannot open include file: 'ctype.h': No such file or directory），但我没有看到任何VS2019特定的解决方案。而且较旧的解决方案似乎有多种原因，对我来说听起来像是一团糟。
我仍然会尝试Conda路线。这里的问题是默认的Snakemake构建需要pygraphviz，而您通过任何渠道的 win-64 平台都无法使用。
最简单的选择是改为选择snakemake-minimal软件包，该软件包不具有pygraphviz依赖性。 Snakemake唯一使用Graphviz的是生成DAG绘图，以我的经验，这实际上对于任何琐碎的管道都毫无用处。 The minimal version还省略了远程文件支持（例如DropBox接口）和精美的报告生成。因此，如果您只需要核心功能，请运行
conda install snakemake-minimal
（我假设您已经拥有Bioconda + Conda Forge频道。）
如果您真的想要Graphviz图或其他功能，可以尝试类似
conda activate
conda install graphviz pip
pip install pygraphviz
conda install snakemake
也就是说，请确保在您的Conda env 中使用pip ，并且仅使用它来安装pygraphviz。但是，同时使用PyPI和Conda can lead to an unstable env。
Anaconda Cloud上有一些具有{strong> win-64 版本的pygraphviz的用户渠道，但是我不建议您从随机的用户渠道进行采购，除非您信任它们。
答案 2 :(得分：0)
根据this issue，snakemake当前无法在python3.7下使用pip立即安装。依赖项datrie无法自动安装。
关于问题的讨论，有一个建议的解决方法：首先从git安装datrie，然后再安装snakemake：
pip3 install git+https://github.com/pytries/datrie.git
pip3 install snakemake
答案 3 :(得分：0)
请参见https://github.com/snakemake/snakemake/issues/246
这不是 snakemake的错误，而是datrie的已知问题。当前有一个PR已打开，可以解决此问题，但是在合并之前，以下解决方案应该可以使用。
一个previous issue on bitbucket已针对python3.7处理。
pip3 install git+https://github.com/pytries/datrie.git
pip3 install snakemake
pip3 install "git+https://github.com/ashwinvis/datrie.git@python3.8"
pip3 install snakemake
答案 4 :(得分：-2)
该错误表明您要安装的软件包使用Microsoft VCC编译器
No such file or directory error: command 'C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio\2019\Community\VC\Tools\MSVC\14.21.27702\bin\HostX86\x64\cl.exe' failed with exit status 2
安装Microsoft Visual Studio 2019以解决此问题