Question

我正在尝试将较长的计算结果在Julia中保存一个大变量作为文件，因此以后可以加载该变量而无需重新计算。当我加载变量时，我得到一个异常。我正在使用JLD的JLD库存储文件。我使用库Eirene计算变量，该库执行拓扑数据分析。生成的文件为173MB。

我已经查询过此内容，但是找不到关于此错误消息的任何信息。起初，我担心文件损坏或由于空间不足而引起的某种情况，但事实并非如此。

这是有问题的代码：

using Eirene
using JLD

C = load("/path_to_file/file.jld")["filtration"]

这是我保存文件的代码：

using Eirene
using JLD

C = eirene("/path_to_distance_matrix/dmat",maxdim=3)
save("/path_to_file/file.jld", "filtration", C)

eirene基本基于我给出的距离矩阵中点之间的距离构建了一系列三角形结构。特别是距离矩阵非常密集，从而导致长三角构建计算。如果要重现此问题，可以访问距离矩阵in this gist。计算结果使我在笔记本电脑上花费了30分钟。

我收到以下错误消息（文件get_class_reps是包含上面第一个代码段的文件）。

ERROR: LoadError: unrecognized HDF5 datatype class 4
Stacktrace:
 [1] jldatatype(::JLD.JldFile, ::HDF5.HDF5Datatype) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/jld_types.jl:738
 [2] read(::JLD.JldDataset) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:370
 [3] read_ref(::JLD.JldFile, ::HDF5.HDF5ReferenceObj) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:502
 [4] read_refs(::JLD.JldDataset, ::Type{Any}, ::Int64, ::Int64, ::Tuple{Int64}) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:475
 [5] read_array(::JLD.JldDataset, ::HDF5.HDF5Datatype, ::Int64, ::Int64, ::Tuple{Int64}) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:409
 [6] read_array(::JLD.JldDataset, ::HDF5.HDF5Datatype, ::Int64, ::Int64) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:408
 [7] read(::JLD.JldDataset) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:372
 [8] read_ref(::JLD.JldFile, ::HDF5.HDF5ReferenceObj) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:502
 [9] jlconvert(::Type{JLD.AssociativeWrapper{String,Any,Dict{String,Any}}}, ::JLD.JldFile, ::Ptr{UInt8}) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/jld_types.jl:434
 [10] read_scalar(::JLD.JldDataset, ::HDF5.HDF5Datatype, ::Type) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:398
 [11] read(::JLD.JldDataset) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:370
 [12] read_ref(::JLD.JldFile, ::HDF5.HDF5ReferenceObj) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:502
 [13] read_refs(::JLD.JldDataset, ::Type{Any}, ::Int64, ::Int64, ::Tuple{Int64}) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:475
 [14] read_array(::JLD.JldDataset, ::HDF5.HDF5Datatype, ::Int64, ::Int64, ::Tuple{Int64}) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:409
 [15] read_array(::JLD.JldDataset, ::HDF5.HDF5Datatype, ::Int64, ::Int64) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:408
 [16] read(::JLD.JldDataset) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:372
 [17] read_ref(::JLD.JldFile, ::HDF5.HDF5ReferenceObj) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:502
 [18] jlconvert(::Type{JLD.AssociativeWrapper{String,Any,Dict{String,Any}}}, ::JLD.JldFile, ::Ptr{UInt8}) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/jld_types.jl:434
 [19] read_scalar(::JLD.JldDataset, ::HDF5.HDF5Datatype, ::Type) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:398
 [20] read(::JLD.JldDataset) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:370
 [21] read(::JLD.JldFile, ::String) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:346
 [22] #39 at ./none:0 [inlined]
 [23] iterate at ./generator.jl:47 [inlined]
 [24] collect(::Base.Generator{Array{String,1},getfield(JLD, Symbol("##39#41")){JLD.JldFile}}) at ./array.jl:606
 [25] (::getfield(JLD, Symbol("##38#40")))(::JLD.JldFile) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:1234
 [26] #jldopen#14(::Base.Iterators.Pairs{Union{},Union{},Tuple{},NamedTuple{(),Tuple{}}}, ::Function, ::getfield(JLD, Symbol("##38#40")), ::String, ::Vararg{String,N} where N) at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:246
 [27] load at /home/curran/.julia/packages/JLD/1BoSz/src/JLD.jl:244 [inlined]
 [28] #load#13(::Base.Iterators.Pairs{Union{},Union{},Tuple{},NamedTuple{(),Tuple{}}}, ::Function, ::String) at /home/curran/.julia/packages/FileIO/e8FNK/src/loadsave.jl:118
 [29] load at /home/curran/.julia/packages/FileIO/e8FNK/src/loadsave.jl:118 [inlined]
 [30] main() at /home/curran/dev/honours/q6/get_class_reps.jl:49
 [31] top-level scope at none:0
in expression starting at /home/curran/dev/honours/q6/get_class_reps.jl:57

Answer 1

您可能已经解决了此问题，但是如果还有其他人遇到此问题，请从JLD切换到JLD2可以为我解决此问题。只需将using JLD更改为using FileIO，然后将保存和加载调用中的所有扩展名从.jld更改为.jld2。

如何使用Julia的JLD来存储来自Eirene数据包的数据来修复“ LoadError：无法识别的HDF5数据类型类4”？

1 个答案: