如何使用不同的连接器粘贴列

Question

例如

df<-data.frame(chr=c(3,4,5),
 start=c(11,12,13),
 end=c(21,22,23))
df
  chr start end
1   3    11  21
2   4    12  22
3   5    13  23

我的问题是使用“：”和“-”粘贴三列，以使df$anno的期望输出为：

df
  chr start end    anno
1   3    11  21 3:11-21
2   4    12  22 4:12-22
3   5    13  23 5:13-23

Answer 1

我会使用sprintf：

df <- within(df, anno <- sprintf("%d:%d-%d", chr, start, end))

#  chr start end    anno
#1   3    11  21 3:11-21
#2   4    12  22 4:12-22
#3   5    13  23 5:13-23

Answer 2

paste是矢量化的。因此，我们可以直接在之间插入带有指定分隔符的列

df$anno <- with(df, paste0(chr, ":", start, "-", end))
df$anno
#[1] "3:11-21" "4:12-22" "5:13-23"

---

或使用str_c

library(tidyverse)
df %>%
    mutate(anno = str_c(chr, ":", start, "-", end))

Answer 3

您也可以使用更简单的方法进行操作：

a$anno<-paste(paste(a$chr, a$start, sep = ":"), a$end, sep = "-")

Answer 4

这是另一个有趣的地方，

sub('-', ':', do.call(paste, c(df, sep = '-')))
#[1] "3:11-21" "4:12-22" "5:13-23"

Answer 5

glue包对于可读性总是有很大帮助：

library(glue)
transform(df, anno = glue("{chr}:{start}-{end}"))
#   chr start end    anno
# 1   3    11  21 3:11-21
# 2   4    12  22 4:12-22
# 3   5    13  23 5:13-23