Question

我正在尝试构建一个MySQL database containing a subset of the Universal Medical Language System's Metathesaurus。该构建由两个 SQL 脚本执行，而这两个脚本又被 Bash 脚本调用。这些脚本是由MetaMorphoSys Java 应用程序动态生成的。

我唯一用于MySQL数据库的是converting the relational rows to RDF triples。此转换由single python script执行，该访问似乎可以访问MRSAT表，但似乎没有使用ATUI列（请参见下文）。因此，我不确定是否缺少主键是否会对编写RDF三元组所需的查询性能产生不利影响。

几年来，我每年完成一次或两次此任务，但我承认它永远不会完全顺利。

从Bash封装的SQL到此步骤，表的加载和建立索引都很好：

ALTER TABLE MRSAT ADD CONSTRAINT X_MRSAT_PK Primary BTREE（ATUI）

在1500到1800秒后始终由于Error Code: 2013. Lost connection to MySQL server during query而失败。

我有两个问题：

我应该在ATUI上没有MRSAT主键的情况下继续前进吗？
如果我真的应该尝试创建主键，那我应该怎么做？

我有increased some timeouts，但尚未对该问题的其他答案提出所有建议中的更改。

由于磁盘空间使用问题，提供商的文档建议MySQL 5.5高于5.6。无论如何，我还是在运行Ubuntu 18的大量AWS x1e.2xlarge实例上使用5.6（就像我过去所做的那样）。

该文档提供了5.5的调整建议，但在5.6文档中看不到等效的设置名称。我已经应用了这些：

bulk_insert_buffer_size = 100M
join_buffer_size = 100M
myisam_sort_buffer_size = 200M
query_cache_limit = 3M
query_cache_size = 100M
read_buffer_size = 200M
sort_buffer_size = 500M

我为key_buffer = 600M做过key_buffer_size= 600M。我没有为table_cache = 300

做任何事情

这里是关于有问题的桌子的大小和形状的一些说明。

$ wc -l MRSAT.RRF
39383949 MRSAT.RRF

该脚本应该将主键设置为字母数字列ATUI

mysql> select * from MRSAT limit 9;
+----------+----------+----------+-----------+-------+---------+-------------+-------+--------+-----+------------+----------+------+
| CUI      | LUI      | SUI      | METAUI    | STYPE | CODE    | ATUI        | SATUI | ATN    | SAB | ATV        | SUPPRESS | CVF  |
+----------+----------+----------+-----------+-------+---------+-------------+-------+--------+-----+------------+----------+------+
| C0000005 | L0000005 | S0007492 | A26634265 | AUI   | D012711 | AT212456753 | NULL  | TH     | MSH | UNK (19XX) | N        | NULL |
| C0000005 | L0000005 | S0007492 | A26634265 | AUI   | D012711 | AT212480766 | NULL  | TERMUI | MSH | T037573    | N        | NULL |
| C0000005 | L0000005 | S0007492 | A26634265 | SCUI  | D012711 | AT60774257  | NULL  | RN     | MSH | 0          | N        | NULL |
| C0000005 | L0270109 | S0007491 | A26634266 | AUI   | D012711 | AT212327137 | NULL  | TERMUI | MSH | T037574    | N        | NULL |
| C0000005 | L0270109 | S0007491 | A26634266 | AUI   | D012711 | AT212456754 | NULL  | TH     | MSH | UNK (19XX) | N        | NULL |
| C0000005 | NULL     | NULL     | NULL      | CUI   | NULL    | AT00368929  | NULL  | DA     | MTH | 19900930   | N        | NULL |
| C0000005 | NULL     | NULL     | NULL      | CUI   | NULL    | AT01344283  | NULL  | MR     | MTH | 20020910   | N        | NULL |
| C0000005 | NULL     | NULL     | NULL      | CUI   | NULL    | AT02319637  | NULL  | ST     | MTH | R          | N        | NULL |
| C0000039 | L0000035 | S0007560 | A26674543 | AUI   | D015060 | AT212481191 | NULL  | TH     | MSH | UNK (19XX) | N        | NULL |
+----------+----------+----------+-----------+-------+---------+-------------+-------+--------+-----+------------+----------+------+
9 rows in set (0.07 sec)

建立主键时连接丢失。修理还是平底锅？

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