Question

我想创建一个矩阵，该矩阵为条目i,j返回D[i,1]和D[j,1]之间的最大值。

我有一个数字向量，可以将MWE中的数字简化为：

set.seed(10)
n <- 2000 
D <- matrix(runif(n,0,100), ncol=1)

在 Base R 中使用双for循环，效率极低：

X <- Matrix::Matrix(0, nrow = n, ncol = n, sparse = T)

for (i in 1:n) {
  for (j in 1:n) {
    X[i,j] <- max(D[i,1], D[j,1])
  }
}

我还尝试了 dplyr ：

library(dplyr)

X <- tibble(i = 1:n, D = D)

X <- expand.grid(i = 1:n, j = 1:n)

X <- X %>%
  as_tibble() %>%
  left_join(X, by = "i") %>%
  left_join(X, by = c("j" = "i")) %>%
  rowwise() %>%
  mutate(D = max(D.x, D.y)) %>%
  ungroup()

在我可以执行Error: std::bad_alloc之前返回X <- Matrix::Matrix(X$D, nrow = n, ncol = n, sparse = T)

我最后一次尝试是使用 RcppArmadillo ，使其在Windows中也可以使用：

#include <RcppArmadillo.h>

// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
arma::mat pairwise_max(arma::mat x, arma::mat y) {
  // Constants
  int n = (int) x.n_rows;

  // Output
  arma::mat z(n,n);

  // Filling with ones
  z.ones();

  for (int i=0; i<n; i++)
    for (int j=0; j<=i; j++) {
      // Fill the lower part
      z.at(i,j) = std::max(y(i,0), y(j,0));
      // Fill the upper part
      z.at(j,i) = z.at(i,j);
    }

    return z;
}

它几乎可以完美地工作，但是我很确定我没有看到使用R的有效方法。

Answer 1

在基数R中，我会这么做

D2 <- drop(D)
X2 <- outer(D2, D2, pmax)

这是double for循环的约20倍。

获得两个值之间成对最大值的矩阵的有效方法

1 个答案: