pybedtools-bedtool和pybedtools之间的交集差异

Question

我要绘制三个维恩图，这是三个床文件。我想将python版本的绘图与matplotlib一起使用，所以我使用了脚本venn_mpl.py。

我的问题是，图中显示的峰的总和与文件中峰的实际数量不匹配。  

这是示意图。 每个文件的峰值数实际上应该是： PR1：55030 PR2：38366 GUI：36424

因此，显然有一些数据丢失。所以我检查了相交的结果是： 带有脚凳：

bedtools intersect -u -a PR1.bed -b PR2.bed GUI.bed

我得到：32813个相交的峰 使用pybedtools：

a = pybedtools.example_bedtool('PR1.bed')
b = pybedtools.example_bedtool('PR2.bed')
c = pybedtools.example_bedtool('GUI.bed')
x = pybedtools.BedTool()

intersect = x.multi_intersect(i=[a.fn, b.fn, c.fn], u=True)

我得到：180304个相交峰

如您所见，即使这个数字与图表中显示的也不匹配，也与bedtools的结果不匹配。

它如何以及为什么发生？还是导致差异的错误在哪里？