Question

当尝试结合使用{{1}中的geom_xspline和ggalt中的ggarrange时，输出为空白，在用{{1 }}。

在用例中，我希望ggpubr替换ggplot对象中已有的dev.off()。有谁知道使用从其他R包添加的geoms的问题？

这里有一些要比较的代码，实际上没有什么有趣的，只是举一个可复制的示例：

没有geom_xspline的初始工作代码

geom_line

使用geom_xspline软件包失败的代码

library(ggplot2)
library(ggpubr)
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_line()
ggarrange(myplot, myplot) # Works and outputs fine

替代方法 我没有使用此link中的函数ggalt，而是使用了library(ggalt) library(ggplot2) library(ggpubr) myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_xspline() ggarrange(myplot, myplot) # Output becomes blank and freezes the plot panel和ggarrange，而没有使用grid_arrange_shared_legend。但是，对于grid为什么行不通，我仍然感到好奇。

这是我的会话信息：

gridExtra

快速添加，如果将对象转换为ggarrange，它将与R version 3.5.1 (2018-07-02) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200) Matrix products: default locale: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252 [4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252 attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] ggpubr_0.1.8 magrittr_1.5 ggplot2_3.0.0 loaded via a namespace (and not attached): [1] Rcpp_0.12.18 pillar_1.3.0 compiler_3.5.1 RColorBrewer_1.1-2 plyr_1.8.4 bindr_0.1.1 [7] tools_3.5.1 extrafont_0.17 tibble_1.4.2 gtable_0.2.0 pkgconfig_2.0.1 rlang_0.2.1 [13] rstudioapi_0.7 yaml_2.2.0 bindrcpp_0.2.2 Rttf2pt1_1.3.7 withr_2.1.2 dplyr_0.7.6 [19] maps_3.3.0 grid_3.5.1 ggalt_0.4.0 tidyselect_0.2.4 cowplot_0.9.3 glue_1.3.0 [25] R6_2.2.2 purrr_0.2.5 extrafontdb_1.0 scales_1.0.0 MASS_7.3-50 assertthat_0.2.0 [31] proj4_1.0-8 colorspace_1.3-2 labeling_0.3 KernSmooth_2.23-15 ash_1.0-15 lazyeval_0.2.1 [37] munsell_0.5.0 crayon_1.3.4一起使用，但是当我尝试使用ggplotGrob()时，它将失败。

Answer 1

我不确定ggpubr::ggarrange与ggalt::geom_xspline一起使用时为什么会导致Plots面板失败，但是我可以告诉您仍在创建绘图，但现在显示在绘图面板上。

因此，将它们一起使用似乎会导致绘图设备发生故障，并且仅在ggalt::geom_xspline而不是ggalt中的所有geoms发生。那是bug，因此您可以正确地发布到GitHub。

您可以通过运行以下代码进行检查：

library(ggalt)
library(ggplot2)
library(ggpubr)


myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
  geom_xspline()
myplot

g <- ggarrange(myplot, myplot) # Output becomes blank and freezes the plot panel
g

jpeg('rplot.jpg')
g
dev.off()
#> pdf 
#>   3

^{由reprex package（v0.3.0）于2019-05-30创建}

这是保存的情节：

enter image description here

Answer 2

xspline所基于的geom_xspline函数通常使用graphics自动绘制。这导致ggalt软件包的作者找到了一些解决方法，以确保它可以与ggplot很好地配合使用。我的粗略解决方案都涉及在不使用geom的情况下从stat创建或调整ggplot或xspline。这样一来，使用ggplot提取数据之前无需进行大量预处理就可以更轻松地使用它。

（1）使用stat 新建的splines

使用spline代替xspline进行点插值。

# Create a new stat (adjusted from ggalt GitHub page)
stat_spline <- function(mapping = NULL, data = NULL, geom = "line",
                         position = "identity", na.rm = TRUE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE,
                         n=200, method = "fmm", ...) { # Just picking a rough default for n
  layer(
    stat = StatSpline,
    data = data,
    mapping = mapping,
    geom = geom,
    position = position,
    show.legend = show.legend,
    inherit.aes = inherit.aes,
    params = list(n=n,
                  method=method,
                  na.rm = na.rm,
                  ...
    )
  )
}

StatSpline <- ggproto("StatSpline", Stat,

                       required_aes = c("x", "y"),

                       compute_group = function(self, data, scales, params,
                                                n=200, method = "fmm") {

                         tmp <- spline(data$x, data$y, n = n, method = method, ties = mean)

                         data.frame(x=tmp$x, y=tmp$y)
                       }

)

# Plot with ggarrange
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
stat_spline(mapping = aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_point()

ggpubr::ggarrange(myplot, myplot)

如果要使用类似于Catmull-Rom的样条线代替Cubic，则此方法不理想；您会在控制点之间看到一些大的弯曲。

（2）使用geom 的新xsplineGrob

这是geom_xspline2的{{1}}的稍作调整的版本

ggalt

在确保shape参数仍接受-1和1之间的输入时有几个问题，但是，现在# Create new geom based upon code from ggalt GitHub page GeomXSpline3 <- ggproto("GeomXSpline3", Geom, required_aes = c("x", "y"), default_aes = aes(colour = "black", shape=-1, open=T), draw_key = draw_key_point, draw_panel = function(data, panel_params, coord) { coords <- coord$transform(data, panel_params) grid::xsplineGrob( coords$x, coords$y, shape = coords$shape, open = coords$open[1], gp = grid::gpar(col = coords$colour) ) } ) geom_xspline3 <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity", position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE, ...) { layer( geom = GeomXSpline3, mapping = mapping, data = data, stat = stat, position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes, params = list(na.rm = na.rm, ...) ) } # Plot with ggarrange myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_xspline3(shape = -.25) + geom_point() ggpubr::ggarrange(myplot, myplot)似乎可以正常工作。

在编写此解决方案时，我使用了以下资源：

来自ggarrange的作者的blog帖子
geom_xspline和geom_xspline2的GitHub页面
ggplot vignette关于扩展ggplot

在ggalt软件包中使用“ geom_xspline”时，空白图输出

2 个答案: