Question

我正在使用subprocess从script.R运行test.py文件。我的test.py如下：

import subprocess
import pandas as pd
subprocess.call(["/usr/bin/Rscript", "--vanilla", "script.R"])   #line 3
df=pd.read_csv("output.csv")                                     #line 4

script.R如下：

library(limma)
df <- read.csv("input.csv")
df<-normalizeCyclicLoess(df)
write.csv(df,"output.csv")

运行上述文件（test.py）时，出现错误消息：

FileNotFoundError: [Errno 2] File b'output.csv' does not exist: b'output.csv'

我知道此错误是因为我的工作目录中没有output.csv文件。但是，我假设它是由script.R创建的，这种情况不会发生，可能是因为在line 3的执行完成之前，python转到了line 4。我们为此使用了here的帮助，并且如上所述，我们为此使用了call。那怎么了谢谢...

编辑：我注意到，如果我没有在代码中导入任何库（例如上面的limma），则一切正常。我可以根据需要编写任何冗长的代码，它不会给我任何错误，并且可以完成。但是，一旦导入任何库，subprocess.call(....)就会给我一个非零的结果（零表示进程已完成）。为了进行测试，我将script.R更改为library(limma)（并且没有其他更改）（也尝试了其他库，也得到了相同的结果），并且结果为非零。因此，我认为使用subprocess导入库存在一些问题。请注意，我可以直接运行R代码，我的代码/库没有错。请给我一些有关这里可能出问题的提示...

Answer 1

抱歉，我最初的回答是完全错误的。

您的子流程调用：

subprocess.call(["/usr/bin/Rscript", "--vanilla", "script.R"])

将返回一个数字-这是进程的退出代码。如果成功，则没有错误，应该为零。您可以检查一下以确保您的R代码正确运行。

您是否尝试过直接运行R代码？它会产生output.csv吗？如果是这样，它会在正确的位置产生它吗？

由于子流程未完成，无法读取文件：Python

1 个答案: