Question

我处理来自qPCR实验的数据。我要使用的数据集是在Excel中生成的-2列，90行的表，所有值都是数字（小数位-句点）。该文件另存为CSV，并在RStudio中打开。对于我的工作，我使用pcr包（还加载了tidyverse和dplyr）。但是，在使用此软件包中的命令之一时，出现错误。

检查列的长度，其中一个显示为2（由于存在10个变量，因此不应重复，每个变量应重复9次）。另一个未被识别

> View(MIR393a_R)
> group_var <- rep(c("Col-0 B", "Col-0 A", "Kyoto B", "Kyoto A", "Kb-0 B", "Kb-0 A", "Db-1 B", "Db-1 A", "Durh-1 B", "Durh-1 A"), each = 9)
> pcr_analyze(MIR393a_R, group_var = group_var, reference_gene ='Reference', reference_group = 'MIR393a', method = 'delta_delta_ct', plot = FALSE)

应该在那里：计算的值和双精度增量误差（如果plot = TRUE，则该图为可选）我得到了什么：

Error: Column `MIR393a` must be length 10 (the number of rows) or one, not 0
In addition: Warning messages:
1: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
2: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
3: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
4: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
5: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
6: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
7: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
8: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
9: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA
10: In mean.default(x) : argument is not numeric or logical: returning NA

Answer 1

我对您使用的pcr软件包不熟悉，但是您应该设置 reference_group ='MIR393a_R' 不是pcr_analyze行中的“ MIR393a”？

Answer 2

好的，看来我终于可以自己解决了。

对于pcr_analyze中的reference_group，应从先前定义的group_var中选择一个组，而不是整个列。

pcr_analyze(MIR, group_var = gvar, reference_gene = 'Reference', reference_group ='Col-0 B', method = 'delta_delta_ct')

其中MIR-是数据帧，gvar <-rep（c（'name1'，'name2'，...），每个= 9），reference_gene ='Ref'（以前分配为Ref <-MIR $ ReferenceGene），例如reference_group ='name1'

正确的公式给出了输出

   group    gene    normalized calibrated relative_expression error  lower upper
   <chr>    <chr>        <dbl>      <dbl>               <dbl> <dbl>  <dbl> <dbl>
 1 Col-0 A  MIR393a      11.3      4.44                0.0461 1.53  0.0160 0.133
 2 Col-0 B  MIR393a       6.90     0                   1      0.775 0.584  1.71 
 3 Db-1 A   MIR393a       8.84     1.94                0.260  1.85  0.0723 0.936
 4 Db-1 B   MIR393a       8.34     1.45                0.366  1.33  0.146  0.922
 5 Durh-1 A MIR393a       7.72     0.826               0.564  2.89  0.0758 4.19 
 6 Durh-1 B MIR393a       6.96     0.0601              0.959  1.40  0.363  2.54 
 7 Kb-0 A   MIR393a      11.3      4.42                0.0467 1.69  0.0145 0.151
 8 Kb-0 B   MIR393a       8.00     1.11                0.465  2.20  0.101  2.13 
 9 Kyoto A  MIR393a       9.70     2.80                0.143  1.64  0.0459 0.448
10 Kyoto B  MIR393a       9.74     2.84                0.140  1.58  0.0469 0.416

案例已解决：）

CSV文件-RStudio无法识别列中的值[使用的pcr软件包]

2 个答案: