如何使用git合并项目而不覆盖某些文件夹/文件

Question

我在VPS上有一个Codeigniter项目。它在本地开发并上传到github。我的项目已经启动，并且有用于用户提交图像的文件夹。我想更新我的实时项目，但是我不想覆盖特定的文件夹。这可以通过git吗？我使用git部署代码的主要原因是因为我没有设置FTP。