Question

我正在尝试对数据集运行log2转换，但是我不断收到一条错误消息，提示“数据框中的非数字变量”。我的数据有row.names = 1和header = TRUE，并且属于data.frame()

类

我尝试添加lappy(na.strings)，但这不能解决问题

Shared_DEGs <- cbind(UT.Degs_heatmap[2:11], MT.Degs_heatmap[2:11], HT.Degs_heatmap[2:11])
Shared_DEGs1 <- `row.names<-`(Shared_DEGs, (UT.Degs_heatmap[,1]))
MyData.INF.log2 <- log2(Shared_DEGs1)

数据应该被log2转换为输出

Answer 1

请勿尝试在整个log2上运行data.frame（或其他数值计算），而需要按列进行。由于我们没有您的数据，因此我将生成一些内容来充分证明：

mydf <- data.frame(num = pi, int = 5L, chr = "A", lgl = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)
mydf
#        num int chr  lgl
# 1 3.141593   5   A TRUE

isnum <- sapply(mydf, is.numeric)
isnum
#   num   int   chr   lgl 
#  TRUE  TRUE FALSE FALSE 
mydf[,isnum] <- lapply(mydf[,isnum], log2)
mydf
#        num      int chr  lgl
# 1 1.651496 2.321928   A TRUE

我在这里做什么：

isnum是numeric的列子集（整数或浮点数）。可以扩展此逻辑索引，以完全包括“无负面” 或“无NA s” 之类的东西。
mydf[,isnum]将数据子集划分为那些列
lapply(mydf[,isnum], log2)对子帧的每一列（每一列分别运行）运行功能log2；传递给log2的是数字的向量，而不是您尝试中的data.frame
mydf[,isnum] <- lapply(...)：通常，如果我们执行mydf <- lapply(...)，我们将存储一个list，它将覆盖您以前的实例（丢失非数字列），并且不再显示框架，因此使用基础的R函数[<-（分配给子集），我们替换了框架的组成部分（a）保留了其他列，并且（b）替换了父框架的“类”。

Answer 2

另一种使用base R的{{1}}的方式，是使用@ r2evans提供的数据。

rapply

Answer 3

我总是建议使用“ tidyverse”处理数据帧。使用install.packages('tidyverse')

安装

library(tidyverse)
log2_transformed <- mutate_if(your_data, is.numeric, log2)

仅将log2转换应用于data.frame的数字列

3 个答案: