Question

我正在尝试从BioSeqClass包中运行以下代码，但是出现错误消息：系统错误（命令，实习生= TRUE）：找不到“ C：\ Program”

selectWeka（data，evaluator =“ CfsSubsetEval”，search =“ BestFirst”，n）

Answer 1

这是BioSeqClass调用Java的方式的问题：它使文件名不受保护/未加引号，并且R的system和system2命令由于不强制使用引号而令人恐惧。（如果您想直接自己使用这些命令，强烈建议您使用processx之类的东西。）

一个应该会产生问题或错误报告，但是我不知道如何使用Bioconductor做到这一点，并且它们在github（https://github.com/Bioconductor-mirror）上的镜像已失效，所以我在那里无所适从。希望有人能提供更多信息。

解决方法

问题不明显是由于weka.jar所在的位置还是其他参数之一引起的。您可以通过调试selectWeka函数并在系统调用之前检查command的值来找出问题所在。寻找路径的Program Files组件。

如果问题出在weka.jar上，则表明您正在C:\Program Files\下的某个位置安装软件包，根据我的经验，这有两个方面的不正确做法：

对于许多我不记得的问题（但这一问题再次引起了讨论），我从未将R安装在C:\Program Files\...下的默认位置；相反，我将其安装在新目录C:\R\R-3.5.3（基于版本）下，然后从那里开始。如果在大学/公司系统上，您可能对此无能为力。
由于它不在base-R软件包中，因此，这表明您不是在使用个人图书馆位置（软件包集合），还是出于某种原因将您的个人图书馆放置在C:\Program Files下。如果是前者，我强烈建议您不要在base-R安装目录中安装新软件包，而要使用自己的软件包。参见?.libPaths和有关该主题的许多其他教程/讨论。使用packrat或checkpoint也可以缓解此问题。

如果问题出在trainFile上（如果我正确地阅读了源代码），那么您的“永久”修复程序将更改Windows放置临时文件的位置，因为此trainFile是一个临时文件为此功能运行专门创建的。如果这是您的问题，我将由您自行解决。

无论如何，您可能没有时间或需要制定更永久的解决方案，您只需要运行一次或两次，然后继续。对于该修复程序：

debug(selectWeka)，并且一旦定义了command（下一个要执行的命令是tmp <- system(command,intern = TRUE)），请运行以下代码来固定{{1}的值}：
```
command
```
（为便于记录，我所做的只是向每个if(search=="Ranker"){ command = paste("java -cp ", shQuote(file.path(.path.package("BioSeqClass"), "scripts", "weka.jar")), " weka.attributeSelection.", evaluator, " -i ", shQuote(trainFile), " -s \"weka.attributeSelection.", search, " -N ", n, "\"", sep="" ) }else{ command = paste("java -cp ", shQuote(file.path(.path.package("BioSeqClass"), "scripts", "weka.jar")), " weka.attributeSelection.", evaluator, " -i ", shQuote(trainFile), " -s weka.attributeSelection.", search, sep="" ) }添加了shQuote两次。）确认paste现在在事物周围加上了引号，例如
```
command
```
然后，您可以继续调试器，并使其运行。

（我希望您没有打给Browse[2]> command [1] "java -cp \"C:\\Program Files\\...\\weka.jar" weka.attributeSel... -i \"c:\\path\\to\\some\\tempfile\" ...的数百个电话。）

注意：我不使用selectWeka，所以我说的都是出于推测和推论。我可能错误地定位了错误的来源。而且由于我不知道自己在做什么，因此我没有测试BioSeqClass中修改后的command分配。我相信selectWeka是正确的选择，但是您可能需要使用shQuote(...)或sQuote来代替，但我不确定系统的设置方式。

系统错误（命令，实习生= TRUE）：找不到“ C：\ Program” selectWeka函数

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