如何更改fviz_pca_ind()中的默认字母组排序?

时间:2019-05-25 22:39:58

标签: r pca

我正在运行数据的PCA(该数据由8组组成。顺序对于确保图形之间的一致性很重要。但是,似乎fviz_pca_ind()函数会自动按字母顺序对组进行排序,而不是保持顺序原始数据框。

pca.res <- PCA(df, graph = FALSE)
fviz_pca_ind(pca.res, geom = "point", habillage = sample_info$Diet, addEllipses = TRUE, palette = c("#000000", "#757575", "#70b4d8", "#054784", "#fce119", "#efbb00", "#ef8f00", "#bfbfbf"), title = "Plasma amino acid concentrations")

基本上,我只需要它来保持组顺序与用于habillage的sample_info $ Diet变量中的显示完全相同。

当前,这些组是有序的:高质,LeuIle,LNAA,...,WT,Thr。 我需要的是:WT,LNAA,LeuIle,...,高保护性。

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