Question

问题

我正在使用ggplot2进行函数绘制漂亮的小提琴图，还提供平均值，95％自举置信区间和组比较。当我在函数中使用变量的确切名称时，它将起作用。当我使用其他名称时，会出现著名的“替换具有[x]行，数据具有[y]”错误。

假设

我知道此错误通常是由于使用了不存在的对象而引起的。因此，我怀疑这与局部和全局变量/环境的不同级别有关，尤其是在我的函数中似乎不接受名称不同的参数的rcompanion :: dataSummary函数（对于95％CI）方面，但我陷入困境，无法完全解决。

代码和最少可重复的示例

我的自定义功能：

# Nice Violin Plot Function
niceViolin <- function (Data=Data,Group=Group,Response=Response,ManualColour=F,ylabel,compare=F,comp1=NULL,comp2=NULL) {
  class(Data$Response) <- "numeric"
  library(rcompanion)
  dataSummary <- groupwiseMean(Response ~ Group, 
                               data   = Data, 
                               conf   = 0.95, 
                               digits = 3,
                               R      = 2000,
                               boot        = TRUE,
                               traditional = FALSE,
                               normal      = FALSE,
                               basic       = FALSE,
                               percentile  = FALSE,
                               bca         = TRUE)
  library(ggplot2)
  library(ggsignif)
  ggplot(Data, aes(x = factor(Group), y = Response, fill = factor(Group))) + 
    theme_grey(base_size = 24) +
    {if (ManualColour == TRUE) scale_fill_manual(values=c("#00BA38", "#619CFF", "#F8766D"))} +
    ylab(ylabel) +
    geom_violin() +
    geom_point(aes(y = dataSummary$Mean), color = "black", size = 4, data = dataSummary) + 
    geom_errorbar(aes(y = dataSummary$Mean, ymin = dataSummary$Bca.lower, ymax = dataSummary$Bca.upper),
                  color = "black", size = 0.5, width = 0.2, data = dataSummary) + 
    theme(legend.position = "none", axis.title.x=element_blank(),
          axis.text.x = element_text(colour="black"), axis.text.y = element_text(colour="black")) +
    if (compare == TRUE) {geom_signif(comparisons = list(c(comp1, comp2)), 
                                      map_signif_level=TRUE, size= 1.3, textsize=8)
    }
}

如果我将变量命名为“ Group”和“ Response”，则它可以正常工作。

Response <- sample(x = 1:20, size = 50, replace = TRUE)
Group <- sample(x = 1:2, size = 50, replace = TRUE)
Dataset <- data.frame(Group,Response)
niceViolin(Data = Dataset, Group = Group, Response = Response, ManualColour = F, ylabel = "Dependent Variable", compare = T, comp1 = 1, comp2 = 2)

如果我用我的专栏命名，则无法使用。

# If I name my column names something else, it doesn't work.
names(Dataset) <- c("Condition","Outcome")
niceViolin(Data = Dataset, Group = Condition, Response = Outcome, ManualColour = F, ylabel = "Dependent Variable", compare = T, comp1 = 1, comp2 = 2)
 Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, "Response", value = numeric(0)) : 
  replacement has 0 rows, data has 50

问题

我希望当我的列名与函数默认名称的名称不同时，它仍然可以工作。知道为什么不是这种情况，以及如何解决这个问题吗？

Answer 1

您不需要分别传递整个数据帧和向量（请参见上面的注释）。如果要灵活使用变量名，最快的解决方法可能是：

niceViolin <- function (Group, Response, ManualColour=F, ylabel, compare=F, comp1=NULL, comp2=NULL) {
  Data <- data.frame(Group, Response)

然后按如下所示调用函数：

niceViolin(Group = Dataset$Condition, Response = Dataset$Outcome, ManualColour = F, ylabel = "Dependent Variable", compare = T, comp1 = 1, comp2 = 2)

如何解决自定义ggplot2函数中的“替换为[x]行，数据为[y]”错误？

问题

假设

代码和最少可重复的示例

问题

1 个答案: