使R脚本运行更快

Question

目标：生成mxn大小的矩阵。我正在尝试创建一个可以计算矩阵并将其输出到文件中的矩阵，但是对于100000大小的文件，这样做花费了很多时间

我已使用代码中所示的稀疏矩阵来处理较大的文件，但是如何使它运行得更快？

library(Matrix)
  for (i in 1:n) {
    if (verbose) A[i, i] <- 1 + A[s[i], d[i]] / 2
    if (i < n) {
      jj <- (i + 1L):n
      for (j in jj) {
        if ((a.ij <- (A[i, s[j]] + A[i, d[j]]) / 2) != 0)
          A[j, i] <- A[i, j] <- a.ij
      }
    }
    if (verbose) {
      n.not0 <- sum(A[i, jj] != 0)
    }
  }
  A[-N,-N]
}

我唯一的问题是代码无法快速运行，这需要大量时间才能运行，我该怎么办？